Однако в это время в Константинополе было получено известие от Антиохийского патриарха Ефрема о деятельности Иоанна Египтянина в Киликии. Но Иоанну Египтянину удалось оправдаться благодаря покровительству императрицы: он убедил всех, что не покидал её виллу. Также под предлогом поездки к горячим источникам он совершил ещё одно путешествие по восточным областям Малой Азии. Самовольность поездок Иоанна Египтянина, как её изображает Иоанн Эфесский, исследователям кажется сомнительной. Они полагают, что Иоанн Египтянин посещал различные провинции также с ведома константинопольской администрации, подобно тому как раньше он жил под наблюдением в столице. Будучи в 541 г. на Родосе, Иоанн Египтянин встретился с Иоанном Эфесским, который направлялся из Александрии в Константинополь, но присоединился к Иоанну Египтянину и сопровождал его во время поездки по западному побережью Малой Азии до Хиоса. Иоанн Эфесский сообщал, что популярность Иоанна Египтянина была весьма велика: в каждом месте к нему стекалось от 150 до 200 человек. В городе Траллы он рукоположил 50 пресвитеров. В Эфесе Иоанну Египтянину было позволено проповедовать в базилике апостола Иоанна Богослова, его проповедь в атриуме храма продолжалась всю ночь, и тогда он рукоположил 70 человек. По сведениям Иоанна Эфесского, Иоанн Египтянин, вероятно в разное время, побывал также на Кипре, в Кесарии Палестинской и Александрии. После встречи в 541 г. Иоанн Эфесский больше почти не имел сведений о судьбе Иоанна Египтянина; в Житии он сообщил лишь, что вскоре Иоанн Египтянин вернулся в Константинополь. Дальнейшие обстоятельства жизни, время и место кончины Иоанна Египтянина исследователям неизвестны. Из сочинений Иоанна Египтянина сохранилось послание к архимандритам сирийских монастырей, написанное около 540 г. на Кипре. В нём рассматривается вопрос о том, как принимать в церковное общение лиц, отступивших от «православной» (т.е. монофизитской) веры и перешедших в халкидонитство. Послание отправлено в Сирию и, следовательно, относится ко второму путешествию Иоанна Египтянина. Послание представляет собой ответы на вопросы, которые задавались сирийскими монахами Феодосию Александрийскому, Константину Антиохийскому и Анфиму Константинопольскому, однако составителем ответа был Иоанн Египтянин. Вопрошание сирийцев написано до марта 536 г., поскольку оно было обращено среди прочих адресатов к патриарху Анфиму Константинопольскому, который был низложен 4 марта 536 г. Иоанн Египтянин давал ответы от своего имени, вероятно, узнав о вопросах сирийцев от монофизитских иерархов, живших в Константинополе. Послание содержит три канона. Первые два касаются клириков, возвращающихся в церковь из «еретических общин». Эти каноны интересны исследователям тем, что для кающихся халкидонитов выдвигают более жёсткие требования, чем для прочих еретиков (первые должны пребывать в мирском чине два года, последние – год). Пребывание три года в мирском чине предписывалось тем, кто получили перерукоположение у «еретиков». Каноническое послание Иоанна Египтянина имело большой авторитет среди сирийских монофизитов и позднее вошло в синодики Сиро-яковитской церкви.