В скиту Иоанна Предтечи создавался архитектурный ансамбль, заметно отличавшийся от монастырского комплекса. Он был призван не отвлекать пустынножителей от духовного созерцания, а потому отличался простотой и скромностью. Большинство строений были деревянными, их соединяли узкие дорожки. В центре большого прямоугольного участка, обнесённого оградой, в 1821–1822 гг. был построен храм, посвящённый Собору Иоанна Предтечи. Это достаточно редкий образец деревянной архитектуры в стиле ампир (материалом для строительства стали деревья, росшие на месте скита). Он состоит из нескольких срубов: притвора, трапезной и кубического храма с семигранной апсидой, по боковым сторонам которого устроены четырёхколонные портики с фронтонами. Здание завершено небольшим куполом. По благословению епископа Филарета (Амфитеатрова) церковь должна была стать «домовой с келиями при ней для архиерейского приезда». Поэтому в притворе размещались скитские ризница и библиотека, а также кельи, одна из них предназначалась для епископа Филарета, который в 1821–1825 гг. почти ежегодно приезжал и проводил в скиту Иоанна Предтечи сырную седмицу или первую седмицу Великого поста. В это время он присутствовал на всех богослужениях в скиту Иоанна Предтечи, который называл «своим скитом». В качестве келейника ему прислуживал преподобный Моисей. Обстановка «архиерейской кельи» впоследствии сохранялась в первоначальном виде. Притвор украшали портреты Московского митрополита Платона (Левшина), митрополита Филарета (Дроздова), митрополита Филарета (Амфитеатрова), Астраханского архиепископа Никифора (Феотоки), Белгородского епископа Иоасафа (Горленко). В «молитвенном покойце» около западного входа находился иконостас, здесь совершалось неусыпное чтение Псалтири. Первый иконостас церкви пожертвовал митрополит Филарет (Амфитеатров), затем на средства П.Н. Хрущова и Д.В. Брюзгина был установлен новый, позолоченный и украшенный колоннами коринфского ордера. Храм был расписан в 1860 г. На потолке помещалось изображение Святой Троицы в окружении херувимов, серафимов и ангелов. Южную стену занимала сцена на тему Собора Иоанна Предтечи, а также копия картины Александра Андреевича Иванова «Явление Христа народу», в которую внесли несколько изменений, в том числе прикрыли обнажённые фигуры «приличною одеждою». В церкви был устроен придел Макария Египетского в память о Макарии Оптинском (освящён 7 сентября 1864 г.). Вокруг церкви по периметру территории поставили небольшие деревянные корпуса – братские кельи на три – четыре человека, находившиеся друг от друга, по древнему пустынножительному обычаю, «на вержение камня» (к 1862 г. насчитывалось девять корпусов).