Предпринимались попытки «разорить и совсем уничтожить скит, о чём входили неоднократно с жалобами к преосвященным» (Отдел рукописей Российской государственной библиотеки). В то же время скит Иоанна Предтечи, который находился в непосредственной близости от Оптиной пустыни, был, скорее, не филиалом, а духовным центром, во многом определявшим атмосферу в монастыре. Сергей Сергеевич Безобразов (впоследствии епископ Катанский Кассиан) писал, что «Оптина пустынь и в ней как средоточие её жизни и ее работы Предтеченский скит заняли важное место в истории русской общественности и русской духовной культуры» (Отдел письменных источников Исторического музея). Скитом Иоанна Предтечи управляли скитоначальники, которые обычно также были братскими духовниками, они избирались настоятелями Оптиной пустыни и старшей братией. Скитоначальники входили в состав собора (совета) старшей братии, учреждённого в Оптиной пустыни в 1891 г.; существовал и отдельный совет старшей братии скита Иоанна Предтечи. Скитоначальниками были преподобные Моисей (Путилов; 1821–1825 гг.), Антоний (Путилов; 1825–1839 гг.) и Макарий (Иванов; 1839–1853 гг.), иеромонах Пафнутий (Осмоловский; 1853–1862 гг.), преподобные Иларион (Пономарёв; 1862–1873 гг.), Анатолий (Копьёв (Зерцалов); 1873–1894 гг.), Иосиф (Литовкин; 1894–1906 гг.) и Варсонофий (Плиханков; 1906–1912 гг.), игумен Феодосий (Поморцев; 1912–1920 гг.),  Нектарий (Тихонов; 1920–1923 гг.). В 1909 г. преподобный Варсонофий как представитель скита Иоанна Предтечи принимал участие во Всероссийском съезде монашествующих, который проходил в Троице-Сергиевой лавре. В 1829 г. в скиту Иоанна Предтечи поселился старец Лев (Леонид; Наголкин), с которого началась история оптинского старчества, основанная на преемственности и непрерывности традиции. После смерти старца старшая братия выбирала ему преемника, который зачастую был его ближайшим учеником. Порой служение совершали несколько старцев одновременно, и монашествующие определялись, к кому из них обращаться. Оптинскими старцами были преподобные Макарий, Амвросий, Иларион, Анатолий (Копьёв;Зерцалов), Иосиф, Варсонофий, Анатолий (Потапов), Нектарий, преподобноисповедник Никон (Беляев), а также игумен Феодосий и др. Оптинские старцы жили в скиту Иоанна Предтечи и окормляли не только скитское, но и монастырское братство, а также принимали монахов и монахинь из других обителей и мирян, вели с ними переписку. Монашествующие регулярно посещали старцев для откровения помыслов и получения духовных наставлений. Женщин преподобный Лев принимал в своей келье на пасеке, преподобный Макарий выходил к ним к скитским воротам, последующие старцы принимали в «хибарке» с отдельным входом снаружи скита Иоанна Предтечи.