В некоторых рукописях напротив последней, одиннадцатой главы стоит пометка: «13 марта 5-го индикта 6590 (1082) года» – дата, указанная и в материалах судебного разбирательства. Но, как было отмечено Стефану и Ж. Гуйаром, девять положений из записки Михаила Каспака, от которых Иоанн Итал не желал отрекаться, не были осуждены императором Михаилом VII. Следовательно, указ Алексея I Комнина был выполнен не полностью: в Неделю Православия не были публично анафематствованы ни высказывания из исповедания Иоанна Итала, в которых философ уже раскаялся, ни девять утверждений, которые Иоанн Итал намеревался отстаивать. Тогда отказ от первоначального решения исследователи объясняют желанием избежать продолжения конфликта (введённый в связи с делом Иоанна Итала обычай расширять синодик в Неделю Православия новыми анафемами просуществовал в Византии до середины XIV в.). 21 марта 1082 г. собрался синод из присутствовавших в Константинополе епископов, где была объявлена анафема всем порицающим решение императора. На заседании синода 11 апреля были допрошены и признаны невиновными названные Иоанном Италом его ученики Михаил Мацосец, Михаил Доксапатр, Михаил Цер, Иоанн Гангрский и бывший проксим школы св. Феодора в квартале Сфоракий Евстратий (впоследствии митрополит Никейский). Учениками Иоанна Итала Анна Комнина считает также сенаторов Иоанна Соломона, Иасита и Сервлия. Основным сохранившимся трудом Иоанна Итала является собрание из 93 «Вопросов и ответов», некоторые из них обращены к определённым лицам, например, к протопроедру и друнгарию виглы Никифору, к императору Михаилу VII, к его брату Андронику, к некоему авасгу (исследователи полагают, что это грузинский философ Иоанн Петрици). Большую часть сочинения исследователи готовы, скорее, назвать записью лекций Иоанна Итала. Основные рассмотренные вопросы: о бестелесности родов и видов, о самостоятельном бытии сущности, о том, что логика является орудием философии, но не её частью, что не всякая, но только человеческая душа бессмертна, о количестве категорий, о согласии между Аристотелем и Платоном, о тленности мира, о том, что материи не существует. В учении об универсалиях Иоанн Итал следует за Аристотелем и признаёт, что они нематериальны не сами по себе, а из-за присутствия в природе познающего.