Согласно документам разбирательства, 13 марта 1082 г., в день праздника Торжества Православия, Иоанн Итал был осуждён перед императорами и синодом за увлечение «эллинскими догматами». В ряде рукописей вместе с текстом синодика в Неделю Православия содержится 11 анафем «Главам Иоанна Итала». В них осуждаются: 1) пытающиеся объяснить воплощение и ипостасное единство во Христе посредством понятий «природа» и «положение» («усыновление»); 2) разделяющие языческие учения о душе и мире; 3) учащие о переселении душ или отрицающие их бессмертие; 4) верящие в безначальность или в вечность материи и идей; 5) предпочитающие эллинских философов благочестивым, но согрешившим христианам; 6) отрицающие чудеса Христа и святых или дающие им собственное объяснение; 7) принимающие «тщетные мнения древних» за истину и преподающие их другим; 8) верящие в платоновские идеи и в то, что материя существует самостоятельно и воспринимает формы согласно идеям; 9) учащие о воскресении людей с новыми телами; 10) верящие в предсуществование душ и вселенной, отрицающие вечность ада и Царства Небесного. В одиннадцатой анафеме в целом осуждаются «эллинские и инославные учения Иоанна Итала», на этот раз философ был назван по имени. В результате разбирательства он был сослан в монастырь. Как пишет Анна Комнина, только после произнесения анафемы Иоанн Итал раскаялся в своих взглядах, отказался от учения о переселении душ и от неуважительного отношения к иконам и постарался сблизить свои представления о вечности идей с учением православной церкви. Сохранилась запись первых девяти анафем с указанием, что они представляют собой учение Иоанна Итала, анафематствованное Собором в пятнадцатый индикт. Поскольку разбирательство, проведённое императором Алексеем I Комнином, датировано мартом 1082 г. и соответствует пятому индикту, девять анафем были произнесены после расследования по делу Иоанна Итала в правление Михаила VII и позже включены в анафематствование 1082 г. Соответственно разбирательство дела Иоанна Итала происходило между 1 сентября 1076 г. и 31 августа 1077 г. При этом на полях одной из рукописей с текстом синодика к разбирательству в царствование Михаила VII отнесены первые десять анафем, а к царствованию Алексея I – одиннадцатая.