В свою очередь, сторонники герцога Бургундского Аррасский епископ Мартин Поре и видам (викарий) Реймсского архиепископа Пьер Кошон пытались склонить Собор к тому, чтобы решение об осуждении учения Иоанна Малого, вынесенное Парижским епископом, было пересмотрено и аннулировано, а Жан Жерсон отрёкся от порочащих Иоанна Малого и герцога Бургундского слов. Герцог Иоанн Бесстрашный в послании Констанцскому собору писал, что если Иоанн Малый и допустил ошибки, то они всё равно уступают его мудрости, а враги герцога, привлекая внимание к этому делу, жаждут вновь разжечь войну. 15 июня 1415 г. на третьей сессии Констанцского собора была назначена комиссия для изучения тех обвинений в ереси, которые выдвигались против Иоанна Малого. В комиссию вошли кардиналы Пьер д'Айи, Франческой Забарелла, Джорджо Орсини и Антонио Панчьера, епископы и доктора богословия. Не желая оскорбить герцога Бургундского, комиссия приняла компромиссное решение: 6 июля 1415 г. на 16-й сессии Собора была осуждена основная доктрина убийства тирана без упоминания имени Иоанна Малого и без рассмотрения отдельных положений его учения. Жан Жерсон не оставлял попыток добиться полного осуждения учения Иоанна Малого. В итоге более 60 богословов и канонистов из 80 присутствовавших на Соборе высказались за допустимость учения Иоанна Малого. Решением комиссии от 15 января 1416 г. приговор, вынесенный в Париже, аннулировался. Однако борьба между сложившимися в ходе конфликта партиями, представителями которых были Жан Жерсон, с одной стороны, и Аррасский епископ М. Поре – с другой, не утихала. Весной 1416 г. император Сигизмунд I Люксембург потребовал от Собора окончательно осудить сочинения Иоанна Малого и упразднить тем самым решение комиссии по этому вопросу. В ответе комиссии императору подчёркивалось, что такое дело не может решаться единолично епископом Парижским, и что следует дождаться решения всего Констанцского собора. Однако большинство участников Собора уже не желали слышать о деле Иоанна Малого. Речь Жана Жерсона, произнесённая 17 января 1417 г. и призванная вновь привлечь внимание к делу Иоанна Малого, не имела успеха. Последний раз учение Иоанна Малого обсуждалось в начале 1418 г., когда его сочинения вновь рассматривались Собором вместе с памфлетом польского доминиканца Яна Фалькенберга, также отстаивавшего правомерность убийства тирана; таковым он считал короля Польши и великого князя Литовского Владислава (Ягайло). Делегаты от «наций» приняли решение об осуждении и о сожжении книги Яна Фалькенберга, однако на общем заседании Собора вопрос не обсуждался. Буллой от 10 марта 1418 г. папа Мартин V провозгласил, что в вопросах веры (in causis fidei) необходимо подчиняться решениям Папского престола. 3 ноября 1418 г. в отсутствие Парижского епископа решение 1414 г. об осуждении учения Иоанна Малого было отозвано генеральными викариями.