В 1413 г. семья герцога Орлеанского потребовала от Парижского университета осудить учение Иоанна Малого, который якобы раскаялся в содеянном незадолго до смерти. 4 сентября 1413 г. Жан Жерсон призвал французского короля осудить заблуждения, содержащиеся в «Оправдании герцога Бургундского...» Иоанна Малого. Семь якобы принадлежавших Иоанну Малому положений, на которые ссылался Жан Жерсон в этой речи, а также в следующей, произнесённой в Парижском университете 6 сентября 1413 г., на самом деле сильно искажали смысл исходного текста. Так, фраза Иоанна Малого о том, что каждому подданному дозволено убить тирана, превратилась у Жан Жерсона в утверждение, будто каждый тиран должен и может быть убит своим вассалом или подданным. Хотя Жана Жерсона поддерживали многие, он столкнулся с яростной оппозицией, в том числе со стороны герцога Бургундского. 7 октября 1413 г. король приказал Парижскому епископу Жерару де Монтагю, принадлежавшему к партии арманьяков, при помощи инквизитора Жана Поле и лучших магистров теологического факультета разобраться с ошибочными и противными католической вере мнениями, содержавшимися в осуждённых Жаном Жерсоном семи положениях Иоанна Малого. Епископ созвал «Собор веры» (Concile de la foi; в каноническом отношении он представлял собой, скорее, дебаты теологов; 30 ноября 1413 г. – 23 февраля 1414 г.), где сочинение Иоанна Малого было осуждено и обречено на сожжение. Сочинение «Оправдание герцога Бургундского...» публично сожгли на паперти собора Парижской Богоматери 25 февраля 1414 г. Не дожидаясь обнародования обвинительного акта, бургундский герцог Иоанн Бесстрашный обратился за помощью к антипапе Иоанну XXIII (1410–1415 гг.), который поручил рассмотреть это дело комиссии, состоявшей из кардиналов Джордано Орсини, Франческо Забарелла и Антонио Панчьера. Поскольку Парижский епископ и инквизитор отказались явиться к кардиналу Дж. Орсини, процесс принял вялотекущий характер. Осенью 1414 г. начался Констанцский собор. Зимой 1414/1415 гг. Жан Жерсон продолжил борьбу с учением Иоанна Малого. 11 апреля 1415 г. в присутствии прелатов, аббатов и докторов теологии он выступил с утверждением, что сочинение Иоанна Малого было осуждено справедливо, поскольку содержало многочисленные заблуждения, которые надлежит искоренять; всякий, кто выступит против этого осуждения, станет распространителем ереси.