Однако уже летом 1408 г. герцогиня Орлеанская добилась восстановления доброго имени своего мужа. 11 сентября с речью против «Оправдания герцога Бургундского...» выступил Томас де Бург, аббат Серизи. Он настаивал, что правосудие должно вершиться не путём насилия, а согласно законам и установлениям. Герцог Иоанн Бесстрашный поручил Иоанну Малому составить ответ. Находясь в Лилле и не располагая полным текстом выступлений своих противников (только к 18 января 1409 г. он получил все необходимые материалы), тот сначала подготовил лишь краткую предварительную реплику («Seconde justification du duc de Bourgogne»), в которой опять последовательно отстаивал тираноборческие идеи. Но к тому времени, когда полное опровержение речи аббата Серизи было подготовлено, в нём отпала политическая необходимость. 9 марта 1409 г. был заключён Шартрский мир между бургундским герцогом Иоанном Бесстрашным и детьми герцога Орлеанского. «Второе оправдание герцога Бургундского» не было обнародовано и не получило широкого распространения. В первой половине 1410 г. Иоанн Малый составил последнее произведение, посвящённое оправданию убийства тирана – «Трактат против возводящих гробницы» («Traitiet encontre les edifieurs de sepulcres»), в котором резюмировал положения двух предыдущих оправданий герцога Бургундского, уделив особое внимание определению права. Вскоре Иоанн Малый скончался. Шартрский мир оказался непрочным: женитьба в апреле 1410 г. Карла, сына убитого герцога Людовика Орлеанского, на дочери Бернарда VII, графа Арманьяка, послужила поводом для создания в Гиени лиги против герцога Бургундского. Нанятые графом Арманьяком отряды наёмников разорили окрестности Парижа, пытаясь вытеснить оттуда сторонников герцога Бургундского. Заключённое 2 ноября 1410 г. перемирие было вскоре вновь нарушено; весной 1411 г. возобновилась гражданская война между партиями арманьяков (сторонников Орлеанской ветви королевской династии Валуа) и бургиньонов (сторонников Бургундской ветви). Несмотря на близость к бургундскому двору, канцлер Парижского университета Жан Жерсон уже в 1408–1409 гг. выступал с критикой тираноборческой теории Иоанна Малого (в результате чего разорвал отношения с прежними покровителями и в 1411 г. утратил бенефиций в Брюгге). До 1413 г., пока Париж контролировала бургундская партия, Жан Жерсон не мог активно критиковать учение Иоанна Малого. После подавления восстания кабошьенов и установления в Париже «тирании арманьяков» (до мая 1418 г.) расстановка сил изменилась в пользу противников Иоанна Малого.