18 мая 1406 г. он выступил перед Королевским советом с опровержением жалоб кардинала Антонио де Шаллана, легата Бенедикта XIII; 7 июня участвовал в обсуждении этого же дела в Парижском парламенте. Вошёл в состав посольства, отправленного в Марсель к Бенедикту XIII и в Рим к папе Григорию XII; летом 1407 г. в Риме произнёс несколько проповедей с призывом прекратить схизму в церкви. 23 ноября 1407 г. в Париже был убит герцог Людовик Орлеанский, брат французского короля Карла VI. После расследования, проведённого парижским прево, в организации убийства обвинили Иоанна Бесстрашного, герцога Бургундского, двоюродного брата убитого и его главного соперника в борьбе за влияние при страдавшем от недуга французском короле. Герцог Иоанн Бесстрашный бежал из Парижа. В декабре того же года вдова Людовика Орлеанского явилась к королю, требуя правосудия, и король обещал удовлетворить её просьбу. 28 февраля 1408 г. герцог Бургундский в сопровождении большой свиты вернулся в Париж. Защитником интересов герцога стал Иоанн Малый (с 20 февраля 1406 г. – советник герцога Бургундского с жалованьем в 100 турских ливров). 8 марта 1408 г. в присутствии короля и дофина он зачитал составленное им «Оправдание герцога Бургундского по поводу смерти герцога Орлеанского» («La justification du duc de Bourgogne sur la mort du duc d'Orléans»), пространную (чтение заняло 4 часа) апологию убийства герцога Людовика Орлеанского (текст сохранился в нескольких копиях). В качестве отправной точки рассуждений Иоанн Малый взял строку из Первого послания к Тимофею апостола Павла: «Radix omnium malorum cupiditas» («Корень всех зол есть сребролюбие» – 1 Тим. 6:10). Он представил герцога Орлеанского как алчного человека, который даже благочестивые поступки совершал из лицемерия. Однако его алчность была лишь истоком преступления, состоявшего в «оскорблении величия» (франц. lèse-majesté) – нанесении ущерба королю, его семье и общему благу королевства. Таким образом, герцог объявлялся «предателем короля», изменившим своему сеньору, т.е. совершившим худшее из преступлений. «Оскорбивший величие предатель» становился тираном, поскольку он незаконно посягал на власть короля, узурпировал её, не имея на то никаких прав. За совокупность преступлений он был достоин смерти в согласии с уголовным правом того времени. Повторяя положения «Поликратика» Иоанна Солсберийского (хорошо известного во Франции благодаря осуществленному в XIV в. переводу этого текста на французский язык), парижский богослов утверждал, что уничтожение тирана следует считать не преступлением, но благим деянием. Герцог Бургундский был оправдан.