По своему методу Иоанн Кесарийский – диалектик, предпочитающий исходить из логических определений терминов, а не из библейской экзегезы. Л. Перроне отмечает, что при чтении его сочинений создаётся впечатление сведения христологии к «простой онтологии Христа» и богословия – к диалектике, хотя полемика Иоанна Кесарийского с афтартодокетами в большей степени ориентирована на поиск авторитета в Священном Писании. Иоанн Кесарийский опирается на богословие каппадокийцев, решавших проблему ипостаси и сущности в тринитарном аспекте, но он рассматривает эту проблему в христологическом аспекте. Для приведения христологической терминологии в соответствие с троичной терминологией каппадокийцев Иоанн Кесарийский отождествляет понятия природы и сущности. Для него «термин “природа” обозначает, прежде всего, общую субстанцию, как в троичном богословии». За исходный пункт рассуждений Иоанн Кесарийский берёт краткое определение Василия Великого: «...Каково отношение общего к частному, таково и отношение сущности к ипостаси». Для Иоанна Кесарийского «всё общее, созерцаемое во многих (существах) и не претерпевающее ни увеличения, ни убавления, называется сущностью». Примером такой сущности может служить «человеческая природа»: каждому человеку «присуще быть смертным и разумным живым существом, могущим вместить в себя ум и знание». Человеческая природа является «сложной», поскольку состоит «из несходных вещей», души и тела. В ней присутствуют «отличительные признаки» двух сущностей, но, рассматриваемая относительно «общего начала», она есть «единая сущность». Таким образом, Иоанн Кесарийский, следуя за каппадокийцами, в то же время вводит новое понятие – «сложная сущность». Но если «сложная сущность» включает в себя две сущности, то как они соотносятся друг с другом? У Иоанна Кесарийского ответ на этот вопрос не даётся. Для него «сущность» тождественна «природе», поэтому странным кажется его утверждение, что под «природой» иногда понимается «сущность», а иногда – «ипостась». Иоанн Кесарийский приводит образцы такого употребления у Афанасия I Великого, который говорит, что «ипостась есть сущность» и означает «само бытие», ибо «ипостась и сущность есть существование; она есть и существует». Иоанн Кесарийский подхватывает эту мысль: «Если кто назовёт в соответствии с этим суждением сущности воипостасными, то есть существующими, мы не станем возражать. Ведь ипостась ничем не отличается от сущности в отношении бытия; их отличие состоит лишь в том, что сущность есть бытие общее, а ипостась – бытие индивидуальное, когда она вместе с общим обладает ещё и чем-то индивидуальным.