Второе («Разные повествования о житиях отшельников») приписано Иоанну Карпафийскому только в одной парижской рукописи. Русский учёный Пётр Васильевич Никитин в палеографическом исследовании показал, почему и как возникло это надписание, и доказал отсутствие оснований для подтверждения авторства Иоанна Карпафийского. Наконец, третье сочинение («О Святой Евхаристии и причастии»), имеющееся в двух рукописях XIV в., хотя и включает несколько цитат из сочинений Иоанна Карпафийского, по мнению Г. Шалькхауссера и М. Дидье, является антологией, составленной на основании «Сочинения о Святой Евхаристии» патриарха Иоанна V/IV Оксита. Оба текста («Повествование о житиях» и «О Евхаристии») остаются неизданными. Богословское и аскетическое учение Иоанна Карпафийского исследователи резюмируют следующим образом. Бог не сотворил ничего злого. Зло не субстанциально, оно лишь тень, возникающая вследствие затемнения источника света. Как и всё сущее, душа также сотворена доброй – чистой и непорочной. Более того, человек сотворён по образу и подобию Божию и призван к обожению, однако вследствие грехопадения ум добровольно уклоняется от добра. Поэтому человек не может познать сущее естественным разумом, ибо логосы (разумные основания) бытия открывает только Сам Сущий, и такой путь познания (откровения свыше) наиболее верный. Но возможен и другой путь – снизу: через познание логосов тварного мира к знанию Бога, хотя это знание является, скорее, признанием непостижимости Сущего. На этот второй путь нельзя вступить, иначе как исполняя Божественные законы – заповеди, ибо только они позволяют вывести предметы из-под тени зла и порока. Ведь ум, будучи тварным, нуждается в помощи Божьей. Посему языческие философы, не ведая Бога, не могли достичь знания о мире. Вся мирская премудрость – ничто для Бога, если человек не достиг духовных добродетелей. Именно поэтому дьявол иногда пытается отвлечь от молитвы как страшного для него оружия, влагая стремление к «эллинским наукам». Итак, перед человеком стоит задача исполнением добродетелей и заповедей достичь очищения ума, исихии и бесстрастия, стать чадом Бога, Которому необходимо принести чистую душу, по образу и подобию. Соответственно подвизающийся на этом пути проходит три этапа. Деятельное знание, связанное с познанием законов видимого мира, соединено с практическим исполнением добродетелей. Естественное (природное) ведение, доступное ангелам и усовершившимся монахам, открывает устроение духовного мира. Созерцательная жизнь ведёт к таинственной причастности Божественной жизни. На этих трёх этапах человек постепенно превращается из раба Божия, движимого страхом, в Его любящего друга, а затем становится и сыном, обладающим совершенной любовью. Не все достигают вершин добродетелей, но и твёрдо стоящие на низших ступенях и при этом не унывающие также не лишатся награды.