Патриарх Филарет приравнял действия митрополита Ионы к действиям Игнатия, в результате чего на первом заседании Собор вынес суждение о бывшем патриархе. Игнатий был обвинён в искажении трёх церковных таинств: в присоединении Марины Мнишек к православию через миропомазание (а не через повторное крещение), в венчании «некрещёной» иноверной иноземки с расстригой и, наконец, в том, что Игнатий преподал недостойным молодожёнам «Пречистое Тело Христово ясти и Святую и Честную Кровь Христову пити» (по мнению исследователей, не все обвинения против Игнатия вполне точные; Игнатий не венчал Лжедмитрия и Марину, хотя присутствовал при обряде, который, конечно же, не мог состояться без его согласия; новобрачные отказались причаститься после венчания, хотя Игнатий готов был преподать им Святые Дары). Отцы Собора постановили лишить Игнатия патриаршего сана и предать проклятию (данное постановление не было пересмотрено на Большом Московском соборе 1666–1667 гг., отменившем ряд решений Собора 1620 г.). Игнатий был погребён в Троицком монастыре в Вильно. По местному преданию, погребение было утрачено после разорения обители русскими войсками, занявшими город 31 июля 1655 г. Имя Игнатия исключено из диптиха Российских патриархов. В «Большой государевой книге, или Корне российских государей» (Титулярнике) 1672 г. среди изображений русских первоиерархов есть портреты двух низложенных к тому времени патриархов – Игнатия и Никона, которые представлены в полном архиерейском облачении, но без нимбов вокруг головы, символизирующих высоту патриаршего служения. Надпись на портрете Игнатия сообщает имя (Игнатей) без указания сана (Российский государственный архив древних актов). Изображения Игнатия сохранились среди миниатюр с портретами патриархов в Царском Титулярнике 1672 г. (Российский государственный архив древних актов) и в его копиях начала 1670 гг. – начала XVIII в. (Российская национальная библиотека; Исторический музей): Игнатий представлен вполоборота вправо, по пояс, в мантии с истоками и в белом куколе, в правой руке высокий жезл (в виде посоха), без сулока; у него правильные черты лица и окладистая седая борода. В иконописном подлиннике конца XVIII в. в дополнительном описании об Игнатии сказано: «Подобием был надсед, брада Сергиева, в шапке, сак зелен, испод бакан» (Библиотека Академии Наук).