Однако, по сообщению архиепископа Арсения Элассонского, Игнатий покинул Москву позднее. 27 декабря 1611 г. он забрал из патриаршей домовой казны «многие драгоценнейшие предметы, золото, серебро и весьма много жемчуга» и уехал из русской столицы, присоединившись к войскам литовского великого гетмана Яна Кароля Ходкевича, которые, по словам Арсения, перед этим доставили в столицу обоз с продовольствием для польского гарнизона (продовольствие в августе 1611 г. в Москву доставил отряд Яна Петра Сапеги). Бывшего патриарха сопровождали стольник Мануил Кантакузин и некий «Димитрий, македонец из Сидерокавсии». По мнению исследователей, архиепископ Арсений допустил ошибку, приурочив отъезд Игнатия к уходу из Кремля в декабре 1611 г. взбунтовавшейся части польского гарнизона, а не к отходу от столицы в октябре войска под предводительством Я.К. Ходкевича (после безуспешных попыток прорваться в Москву). Однако некоторые современные исследователи, основываясь на сведениях архиепископа Арсения, относят время отъезда Игнатия из России к зиме 1611/1612 гг. Оставив войско Я.К. Ходкевича, который не стремился уходить из России, и попытавшись самостоятельно достичь литовской границы, Игнатий подвергся нападению «станичников-шишей», которые разграбили его имущество и убили часть попутчиков. Решение остаться в Великом княжестве Литовском Игнатий принял не вполне добровольно, но после аудиенции у короля Сигизмунда III в его ставке под Смоленском, куда Игнатия доставили польские жолнеры, случайно задержавшие «едва нагого и лишённого всего» архиерея в окрестностях города. Игнатий услышал от короля, что ему не будет разрешено проехать через Речь Посполиту не только в Оттоманскую Порту, но и в европейские христианские государства. Сигизмунд III предложил бывшему патриарху либо вернуться в разорённое Московское царство, либо на неопределённый срок остаться в Литве на положении политического эмигранта. Тогда же, скорее всего, король выдвинул требование к Игнатию присоединиться к унии. Игнатий поселился в Вильно. Из донесения папского нунция от 8 августа 1612 г. исследователи сделали вывод, что Игнатий жил в виленском во имя Святой Троицы монастыре, где архимандрит Иосиф Вельямин Рутский (впоследствии униатский Киевский митрополит) убеждал его принять унию, давая ему читать книги на греческом языке. Игнатий выразил готовность повиноваться папе в соответствующем письме, но было решено пока сохранять это в тайне. В депеше нунция речь шла о направлении папой надёжных людей, которых в дальнейшем Игнатий поставил бы епископами и которые могли бы организовать семинарию для обучения молодёжи в духе униатства.