В том же следственном деле помещено разбирательство о пропавших мощах Игнатия, спрятанных в 1688 г., «чтобы простолюдинам соблазна не было». Возможно, с целью восстановления почитания святого в начале XVIII в. появилось предание, согласно которому Игнатий не был безвестным иноком, но учеником Кирилла Белозерского. Память Игнатия в святцах встречается редко: под 28 декабря – в Кайдаловских святцах конца XVII в., под 29 декабря – в святцах начала XIX в.: «И преставление преподобнаго отца нашего Игнатия, иже на Лому пустыни, Ростов. В 1596-м» (Библиотека Академии Наук). В «Алфавите русских святых» старообрядческого монаха Ионы Керженского 1807–1811 гг. под 28 декабря помещены память и краткое житие Игнатия (Ярославский музей). Ломская обитель была упразднена в 1764 г., Спасская церковь стала приходской. К этому времени в деревянном храме было три престола: главный – в честь Нерукотворного образа Спасителя и два придельных – в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и во имя Игнатия Богоносца. В XIX в. ситуация с почитанием Игнатия изменилась. К 1827 г. на месте деревянного храма в обители был воздвигнут каменный. В связи с постройкой известно чудо Игнатия: подрядчик, приказавший вскрыть могилу преподобного, ослеп и прозрел по молитвам к святому, после того как место захоронения было закрыто «и благочестно засыпано». Мощи Игнатия покоились под спудом в Благовещенском (южном) приделе Спасской церкви за клиросом. Над местом погребения стояла деревянная рака, которая в 1835 г. была обита латунью и обнесена чугунной решёткой. На раке находилась икона преподобного в рост, рядом с гробницей хранились его железные вериги. К 300-летию со дня предполагаемой кончины Игнатия в храме были проведены ремонтные работы, в том числе перестроен иконостас, возобновилась запись чудес у гроба подвижника (в «Памятной церковной книге» имелись записи об 11 чудесах). Спасская церковь была закрыта в конце 1930 гг., богослужение в ней возобновилось в 1948 г., но 5 ноября того же года храм был закрыт «временно» для оформления статуса памятника архитектуры, с тех пор богослужение в храме не совершается. В настоящее время храм разрушен, мощи Игнатия почивают под спудом в Благовещенском приделе. Канонизация Игнатия, как полагают исследователи, совершилась включением его имени в середине 1980 гг. в Собор всех святых, в земле Российской просиявших, состав которого был определён при подготовке к изданию богослужебных Миней. Впоследствии имя Игнатия вошло в Собор Ростово-Ярославских святых (при установлении празднования Собору в 1964 имя Игнатия в него не было включено).