Независимо от Жития Игнатия среди старообрядцев возник рассказ о чудесных явлениях святого в защиту «старой веры», составивший главу 10 «Христианоопасного щита веры против еретического ополчения» старообрядческого писателя Авраамия: «Сказание отчасти чюдес преподобнаго отца нашего Игнатья, игумена Вологодского, иже на Саре реце пустынника, чюдотворца» (начало: «Многая преизящная преминув святаго чюдеса, сотворенная из древних времен»). В «Сказании отчасти…», датированном сентябрём 1664 г., содержится рассказ о явлениях Игнатия, записанный у жительницы деревни Василевой Янгосарской волости Иустины. По словам Иустины, при последнем явлении Игнатий, в частности, сказал ей: «Поиди ты ко государю царю, написа моя к тебе явления, знамения и чюдеса, чтобы он, царь, пение и службу не мятежно учинил Алексием, митрополитом московским, чюдотворцем, и книги две – старой служебник да новой положил к нему, чюдотворцу, в раку. А уже бо люд мрет без причастия, как есть скот гинет. А не убоися-де ты ни отнюд ничево». Это чудо, правда, с оговоркой, что оно произошло в его отсутствие, пересказал Иван Неронов в «допросных речах» 24 августа 1665 г. Допросы строителя Ломской пустыни стали следствием конфликта между ним и Вологодским архиепископом Симоном, в 1665 г. потребовавшим подчинения ему обители. Иван Неронов отстаивал самостоятельность монастыря, был судим и сослан сначала в Спасо-Прилуцкий, затем в Иосифов Волоколамский в честь Успения ПЕресвятой Богородицы мужской монастырь, после чего Ломская пустынь начала постепенно приходить в запустение. В начале XVIII в. в ней жили пять монахов. В жалованной грамоте царя Алексея Михайловича 1659 г. основатель Ломской пустыни именуется «преподобным отцом и чудотворцем». К 1664 г. пустынь могла называться Игнатиевой. Так, на хранившемся в обители чудотворном Ломском списке Нерукотворного образа Спасителя (ныне в собрании Череповецкого музея) есть запись: «Образ сей написан во обитель, нарицаемую Игнатьеву пустыню, по вере и по обещанию дворцоваго села Фрязинова бывшаго прежде крестьянина Феодула Григорьева сына Бажен-Зелейщикова. Писал раб костромитин изограф Сергей со Стахием и Василием. Конец положи сему начертанному Божественному делу лета 7172 месяца июния во 2-й день». В 1688 г. существовали тропарь, кондак и похвальное слово Игнатию, а также описание чудес (упоминаются в следственном деле из фонда Вологодской духовной семинарии; сведения о данной рукописи предоставлены исследователям сотрудником национальной библиотек Вологодского государственного педагогического университета Р.П. Биланчуком). Однако в связи с тем что монастырь имел связи со старообрядцами, почитанию Игнатия во второй половине XVII в., как полагают исследователи, чинились препятствия, и оно не получило большого распространения.