Однако источники не сообщают о создании Игнатием двух монастырей. Исследователи полагают, что преподобный основал только пустынь на Лому, здесь он был погребён, в бывшей монастырской церкви под спудом почивают его мощи. Ломская пустынь иногда именовалась Богородичной, помимо Жития Игнатия об этом свидетельствует опись монастырского имущества, составленная последним строителем обители иеромонахом Гавриилом в середине XVIII в. Приведённые в агиографической литературе сведения о том, что Игнатий начал иноческую жизнь в Кирилловом Белозерском в честь Успения Пресвятой Богородицы мужском монастыре и подвизался в Димитриевом Прилуцком в честь Всемилостивого Спаса, Происхождения Честных Древ Креста Господня мужском  монастыре, подтверждения в Житии не находят. Именование Игнатия учеником Кирилла Белозерского также лишено оснований. В синодике, хранившемся в XIX в. в бывшей монастырской Спасской церкви, после Игнатия поминался строитель Вениамин Нижегородец, за ним – иеромонах Герасим, иеромонах Макарий, бывший строителем пустыни в 1654 г. Исходя из этих сведений, исследователи утверждают, что Игнатий подвизался в конце XVI в. Встречающееся в литературе именование Игнатия иконописцем исследователи считают ошибочным, оно основано, по их мнению, на отождествлении этого Игнатия с иконником Симонова Нового московского в честь Успения Пресвятой Богородицы монастыря Игнатием, который упоминается в «Отвещании любозазорным» Иосифа Волоцкого и называется в «Сказании о святых иконописцах» «спостником Кирилла Белозерского». Расцвет Ломской пустыни связан с управлением монастырём в должности строителя Иоанна Неронова, активного деятеля раннего периода старообрядчества. При нём было начато строительство новой церкви, обитель получала вклады, в том числе земельные владения от царя Алексея Михайловича, церковную утварь, книги (в 1658 г. стольник Роман Фёдорович Боборыкин вложил в монастырь напрестольное Евангелие). По распоряжению Ивана Неронова началась запись чудес (преимущественно исцелений), происходивших у гроба Игнатия. Одно из чудес заключалось в том, что по молитвам святого в монастырском амбаре долгое время не оскудевала последняя мера муки, из которой пекли хлеб. Иван Неронов пытался превратить Ломскую пустынь в один из центров «старой веры». Некоторое время в обители жил близкий к Ивану Неронову Феоктист, бывший игумен московского во имя Иоанна Златоуста монастыря, сюда в декабре 1664 г. Иван Неронов предлагал отпустить «на покой» Аввакума Петрова.