Большинство текстов Игнатия дошло в неполных списках, структура ряда сочинений допускает различные их интерпретации; в частности, исследователи считают некоторые тексты, следующие в рукописях за Челобитной царю Фёдору Алексеевичу, главами этой Челобитной или же самостоятельными сочинениями. Темой основных сочинений Игнатия («Книги о титле на кресте Христовом» и Челобитной царю Фёдору Алексеевичу) является защита надписания на Голгофском кресте (титла) «Царь Славы Icус Христос Сын Божий» против всё более распространявшегося в то время в России надписания «IНЦI» (Iсус Назарянин Царь Iудейский), основанного на евангельском чтении Ин. 19:19–20 (ср. также: Лк. 23:28, Мк. 15:26, Мф. 27:37). «Книга о титле на кресте Христовом» – условное название, заимствованное из «Отразительного писания» Евфросина, в старообрядческих рукописях сочинение называется обычно «Писание священнодиякона соловецкаго Игнатия, преждебывшаго отца и страдалца, на отступники-никонияны обличительно о написании титлы IНЦИ на кресте Господни» (полный текст сочинения исследователи нашли в рукописи Российской государственной библиотеки). В «Книге о титле...» аргументация носит богословский характер: автор пишет о том, что «Пилатово написание» («IНЦI») делает Бога земным царём, в то время как Христос является Царём Славы. Игнатий подробно излагает мысли о значимости Воплощения Христа для спасения человечества и о важности почитания Пресвятой Богородицы. По его утверждению, «правильное титло» является залогом хранения от ересей, указывает верный путь к прославлению Богоматери, Которая ходатайствует за людей перед Своим Сыном, спасая от пагубного воздействия антихриста. В сочинении звучат трагические ноты, вызванные гибелью защитников Соловецкого монастыря в 1676 г. и падением обители. Челобитная царю Фёдору Алексеевичу имеет не только тематическое, но и текстовое сходство с «Книгой о титле...», некоторые части сочинений совпадают дословно. При этом структура текстов различна, в каждом есть значительные самостоятельные части. Челобитная начинается обращением к новому царю, который, как надеялся Игнатий, отменит богослужебную реформу. Затем следует раздел о надписании на кресте, во многом совпадающий с «Книгой о титле...». Сопоставительный анализ раскрытия темы «правильного титла» в сочинениях Игнатия осложняется для исследователей тем, что не известен ни один полный список Челобитной Фёдору Алексеевичу, при этом существующие списки содержат разные редакции текста. В целом исследователи утверждают, что в Челобитной Фёдору Алексеевичу данная тема изложена подробнее, чем в «Книге о титле...». Открытым остаётся вопрос об окончании Челобитной Фёдору Алексеевичу; по мнению исследователей, она завершалась «Сказанием об Адаме нынешнем», тематически перекликающимся с вводной частью произведения.