В старообрядческом предании (отразившемся в сочинениях Семёна Денисова и Ивана Филиппова) уход Игнатия из монастыря обретает символический характер, поскольку Гурий Соловецкий предсказал ему: «Игнатие, изыди от монастыря сего, ибо свой монастырь равный собереши» (в интерпретации старообрядческих историографов «свой монастырь» Игнатия – это община его последователей, погибшая вместе со своим учителем в Корнилиевом Палеостровском в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыре в 1687 г.). Покинув Соловки, Игнатий поселился в каргопольском «Спасовом монастыре» у игумена Евфимия, который «любил же старое благочестие и служил по-старому. У него, Евфимия, жили соловецкие старцы Игнатий да Герман... да старец Иосиф... и иных человек с восмь – все жили у Евфимия игумена, в поварной келии немало время пребыша. Впоследствии Игнатий обосновался близ села Повенцы «в Выговской пустыни, и выходя в села Повенецкое, и в Шунское, и Толвуйское, укрепляя и учаше стояти в древлецерковном благочестии люди». В «Слове надгробном Петру Прокопьеву» (1719 г.) Андрей Денисов сообщал, что Игнатий посещал Курженскую пустынь (находилась на острове Курженского озера в Пудожской волости Олонецкого уезда). В 1670 гг. пустынь стала центром старообрядчества, там бывали Досифей, Корнилий Выговский и др. Игнатий с ними «схождашеся и единоумно о благочестии усердствоваху... Многи же сей отец священный просвети учением, научи благоверию, наказа добродетелем и на подвиг возстави». Он сыграл важную роль в создании Выголексинского общежительства, о чём неоднократно говорится в «Истории Выговской пустыни» Ивана Филиппова. Учениками Игнатия были многие выговские первопоселенцы, в том числе Даниил Викулин, который в течение года был келейником бывшего соловецкого инока. По свидетельству Жития Андрея Денисова, Игнатий часто посещал в Повенцах дом Дионисия Евстафьева, отца Андрея и Семёна Денисовых, крестил Андрея – основателя общежительства. С деятельностью Игнатия и Емельяна Повенецкого, развернувших активную проповедь «древнего благочестия» среди крестьян, связана новая волна старообрядческого освоения «Выговской пустыни» в середине 1680 гг. В 1670 гг. Игнатий, как полагают исследователи, оказался втянут в продолжавшиеся почти десятилетие догматические споры между находившимися в заключении в Пустозёрске Аввакумом Петровым и Лазарем, с одной стороны, и бывшим дьяконом Фёдором Ивановым – с другой. Споры были вызваны учением Аввакума, к которому присоединился Лазарь, о Святой Троице (Аввакум отрицал единосущность Святой Троицы, утверждал, что в Святой Троице – три существа, отделял Христа от третьего Лица Святой Троицы). Своих противников, в частности, Фёдора Иванова и, по-видимому, Игнатия, которые отстаивали в данном случае догматически верное мнение, Аввакум обвинял в «единобожии».