В епархии, по рекам Дон и Медведица, строились храмы, основывались и обновлялись монастыри. 30 ноября 1699 г. патриарх Адриан благословил постройку церкви во имя Святой Троицы в Троицкой пустыни на Дону и приказал «о освящении тоя церкви, и антиминсе, и кому святить, бить челом впредь Игнатью, епископу Тамбовскому». В том же году патриарх благословил постройку церкви во имя Святой Троицы в Мигулинском Троицком монастыре в Казанском юрту на Дону, основанном в 1688 г., в монастырь Игнатий поставил строителя Капитона. В 1700 г. Игнатий был арестован по делу Григория Талицкого, в ходе которого было осуждено более 15 человек (содержание дела известно исследователям по подборке документов, скопированных в 1750 для императрицы Елизаветы Петровны и опубликованных Григорием Васильевичем Есиповым; Павел Михайлович Строев и другие исследователи указывают в качестве даты ареста Игнатия 23 августа 1699 г., но это противоречит документам: 30 ноября 1699 патриарх Адриан упоминает Игнатия как епископа, кроме того, дело Г. Талицкого началось в 1700 г.). 23 августа 1700 г. Тамбовскую епархию упразднили, её территория перешла под управление Рязанского митрополита Стефана (Яворского), Местоблюстителя Патриаршего престола. Г. Талицкий проповедовал, что близится конец света, Московское царство стало Вавилоном, а царь Пётр является антихристом, необходимо восстать против него и убить. Под пытками Г. Талицкий выдал всех, кому давал свои сочинения или с кем говорил о своих идеях. Одним из первых он назвал Игнатия, с которым его познакомил иконник Истома Савин. Согласно показаниям Г. Талицкого, Игнатий просил его подробно изложить свои мнения «в тетрадях» и дал на это 5 руб. Г. Талицкий исполнил просьбу и на Казанском подворье в Великий пост, перед отъездом епископа из Москвы в Тамбов, читал свои тетради Игнатию и передал их архиерею, добавив два печатных листа и получив ещё 2 руб. По словам Г. Талицкого, слушая рассуждения о Петре антихристе, Игнатий плакал и говорил: «Сами-де видим, что худо делается, да что мне делать, я немощен», – и поцеловал тетради. Игнатий хвалил Г. Талицкого: «Павловы-де твои уста».