При Игнатии в епархии было выстроено около сорока новых церквей, причём сооружение каменных храмов в сельской местности впервые стало массовым. В августе 1829 г. Игнатий освятил церковь в честь Смоленской иконы Божьей Матери «на острову» в городе Олонце, 27 января 1832 г. – горнозаводскую Александро-Невскую церковь в Петрозаводске (ныне кафедральный собор Петрозаводской и Карельской епархии), 17 октября 1838 г. – Покровскую церковь в архиерейском доме. В Александровом Ошевенском и каргопольском в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырях были воздвигнуты надвратные храмы, в 1833 г. началось восстановление упразднённого Клименецкого монастыря. Игнатий устроил образцовое хозяйство на Древлянской даче (ныне в черте Петрозаводска), переданной городским обществом архиерейскому дому. Ближайшим сотрудником архиерея стал переведённый по его ходатайству в Петрозаводск священник И. Боголюбов, который затем уже в сане архимандрита последовал за Игнатием в Донскую, а потом в Воронежскую епархию. Особое внимание Игнатий уделял сфере духовного образования. В 1829 г. провёл ревизию Петрозаводского и Свирского духовных училищ. В новой епархии менее 30 человек из духовенства окончили полный семинарский курс, поэтому Игнатий стал вызывать священников к себе «для доучения». Способствовал быстрому открытию в Петрозаводске духовной семинарии. Штаты Олонецкой духовной семинарии были утверждены 8 августа 1829 г., занятия начались 27 октября того же года. В число преподаваемых предметов был включён карельский язык. Игнатий настоял на переводе в новую семинарию уроженцев епархии, ранее учившихся в Новгородской и Санкт-Петербургской семинариях. В 1831 г. донёс Синоду, что, согласно мнению сенатора Дмитрия Осиповича Баранова, ревизовавшего губернию в 1826 г., считает нужным основать духовное училище в Повенце для детей старообрядцев. Однако проект был отклонён, поскольку «на сию меру согласия от отцов и родственников детей старообрядческих» ожидать не приходилось. Получив запрос Синода о возможности организовать обучение детей священниками на местах, Игнатий составил «Порядок обучения детей прихожан при церквах по уезду Повенецкому» (15 августа 1832 г.), а затем и детальную инструкцию («правила») для духовенства.