В епархии работает филиал Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета (ПСТГУ), воскресные школы, Православный военно-патриотический клуб «Русские витязи». С 2000 г. Игнатий является председателем попечительского совета по строительству кафедрального Свято-Троицкого собора в Петропавловске-Камчатском. В 2004 г. в недостроенном храме состоялась первая литургия. В феврале 2004 г. вместе с другими дальневосточными архиереями подписал обращение к Президенту России Владимиру Владимировичу Путину, где был выражен протест против возможной передачи Японии островов Малой Курильской гряды. Игнатий совершил переходы под льдами Северного Ледовитого океана в качестве духовника и корабельного священника в составе экипажей атомных подводных лодок «Томск» (1998 г.), «Святой Георгий Победоносец» (2003 г.), «Воровский» (2004 г.). С его благословения была учреждена первая в российском Военно-морском флоте церковь на корабле «Камчатка» (пункт базирования – посёлок Завойко). В 2005 г. под руководством Игнатия в епархии прошли торжества в честь 300-летия православия на Камчатке. К празднованию было выпущено Евангелие от Луки на корякском языке, в ходе подготовки к изданию переводчики разработали религиозную лексику для корякского языка. Решением Русского биографического института Игнатий был удостоен звания «Человек года 2005» в номинации «Религия». 25 февраля 2007 г. возведён в сан архиепископа. В том же году окончил теологический факультет ПСТГУ. В марте-апреле 2008 г. Игнатий входил в состав полярной экспедиции, направлявшейся из Мурманска к ледовой базе «Борнео». 5 апреля 2008 г. совершил Божественную литургию на Северном полюсе и рукоположил во иерея диакона Романа Никитина. На месте служения литургии был установлен поклонный крест. Игнатий является сторонником использования новых средств и форм миссионерской проповеди. 8 февраля 2008 г. первым из правящих архиереев РПЦ создал персональный блог в Интернете. 22 марта 2011 г. получил назначение на Хабаровскую и Приамурскую кафедру. 30 мая того же года назначен ректором Хабаровской духовной семинарии. 6 октября назначен главой Приамурской митрополии. 8 октября 2011 г. возведён в сан митрополита Московским патриархом Кириллом (Гундяевым) в Успенском соборе Троице-Сергиевой лавры. Решением Священного Синода от 3 июня 2016 г. назначен митрополитом Аргентинским и Южноамериканским. Решением Священного Синода от 13 июня 2016 г. освобождён от должности ректора Хабаровской духовной семинарии.