Таким образом, количество богословских и аскетических сочинений у Иоанна Евгеника невелико. В основном, они написаны по конкретному случаю и адресованы конкретным лицам. Среди гомилий исследователи выделяют: 1. «На Вознесение»; 2. «На Молитву Господню» (гомилия надписана именем Марка Евгеника); 3. «К наряжающимся женщинам»; 4. Панегирик великомученику Иакову Персянину, частицей мощей которого владел Иоанн Евгеник; 5. «Славословие Богу за церковное исправление». Гомилия представляет собой многократное возглашение радости, каждое из которых начинается со слов «Благословен Бог», в связи с отвержением унии в Морейском деспотате и возвращением в православие большого числа людей; в ней декларировалось отделение от общения с официальной униатской церковью в Константинополе. «Славословие...» было произнесено в присутствии Димитрия Палеолога, стараниями которого состоялось это событие, и его жены Феодоры Асанины, «третьей и новой Феодоры», как полагают исследователи, в Мистре между 1449 и 1453 гг. По словам Иоанна Евгеника, Димитрий Палеолог исправил «братское падение», т.е. обращение в унию императора Иоанна VIII или императора Константина XI Палеологов. Гимнография занимает важное место в наследии Иоанна Евгеника; именно с неё он начинает литературную деятельность. В этом жанре преуспели и его отец Георгий Евгеник, и брат Марк. Перу Иоанна Евгеника принадлежат каноны мученику Евгению Трапезундскому (вместе с самогласнами), св. Иоасафу, благодарственный канон Божьей Матери за спасение от кораблекрушения, службы Николаю Мирликийскому и Спиридону Тримифунтскому, мученику Философу, стихиры восьми гласов, предназначенные для пения на погребении епископов, монахов и священников, и др. Однако наибольшую ценность, по мнению исследователей, имеет составленное Иоанном Евгеником Последование в честь Марка Эфесского. Входящий в Последование синаксарь является одним из основных источников биографии Марка. Иоанну Евгенику также принадлежит ряд молитв, пять из которых были изданы Никодимом Святогорцем: «К Святой Единосущной Троице», «К Человеколюбивому Богу и Отцу», «К Господу Иисусу Христу», «К Святому Духу», «К Богородице». Молитвы «К Иоанну Златоусту» (написана по просьбе благочестивого христианина) и «К св. мученице царице Александре Римской» (составлена от лица, носящего имя святой) сохранились в рукописи.