После возвращения императора с супругой в Трапезунд (25 апреля 1283 г.) династическая борьба продолжилась. Низложенный император Георгий был отпущен ильханом Абакой и предпринимал безуспешные попытки возвратить себе трон, а в 1284 г. власть в Трапезунде на несколько месяцев захватила Феодора – старшая дочь императора Мануила I и Русудан из Иверии. Вскоре она была низложена, и престол окончательно перешёл к Иоанну II Великому Комнину. В его правление тюркские кочевые племена захватили богатейшую область Трапезундской империи Халивию. Иоанну II Великому Комнину удалось укрепить императорскую власть и подавить сопротивление знати и династической оппозиции. Он вёл переговоры с папой Римским, разрешил францисканцам основать монастырь в Трапезунде и сделать его плацдармом католических миссионерства в землях ильханов, заключил договор с генуэзцами об основании их фактории, принимал меры для поддержания активной международной торговли через Трапезунд и Тебриз. При Иоанне II Великом Комнине значительно укрепилась трапезундская монета – серебряный аспр; возрос объём его чеканки и расширился ареал обращения, в том числе в Закавказье. Скончался Иоанн II Великий Комнин в трапезундской пограничной крепости Лимнии и был похоронен в трапезундской церкви Пресвятой Богородицы Златоглавой (Хрисокефальской). После смерти императора престол наследовал его старший сын 14-летний Алексей II Великий Комнин, которого Иоанн II Великий Комнин поручил опеке его дяди Андроника II Палеолога. Исследователи полагают, что Алексей был соправителем Иоанна II Великого Комнина, что подтверждается существованием аспра с их двойным изображением (около 1297 г.). Впоследствии Алексей II Великий Комнин оказался более энергичным правителем и более талантливым полководцем, чем его отец. В церкви Пресвятой Богородицы Влахернитиссы в городе Триполи (не сохранилась), по мнению исследователей, находились скульптурные портреты Иоанна II Великого Комнина и его супруги. Император был покровителем монастыря Сумела, расположенного близ Трапезунда.