Таких людей, по мнению Ивана IV Васильевича, можно было убивать неожиданно, в любое время, чтобы они умирали без покаяния. Трупы их не разрешалось хоронить, по ним запрещалось давать заупокойные вклады. Главным объектом репрессий стали княжеские роды потомков Рюрика, занимавшие высшее место в древнерусской социальной иерархии. Так, ещё до начала опричнины Иван IV Васильевич отобрал у князей Воротынских и Одоевских их земли на верхней Оке, затем часть этих земель была включена в состав опричного удела. Сразу после учреждения опричнины был казнён наиболее выдающийся из суздальских князей – Александр Борисович Горбатый-Шуйский, Суздаль вошёл в опричнину. В 1565 г. царь сослал на только что присоединённые земли Среднего Поволжья ростовских, ярославских и стародубских князей, а их вотчины стали «отписывать» на государя. В 1566 г. в политике Ивана IV Васильевича наметились изменения. 1 мая 1566 г. царь вернул сосланных в Поволжье князей, им стали отдавать родовые вотчины. Царь согласился возвести на митрополичью кафедру после смерти митрополита Афанасия игумена Соловецкого в честь Преображения Господня мужского монастыря Филиппа (Колычева), хотя тот добивался отмены опричнины. Была возвращена часть владений князю Михаилу Ивановичу Воротынскому. В конце июня 1566 г. царь даже созвал на Собор представителей сословий из земщины (бояр и детей боярских, духовенство, купечество) для обсуждения вопроса, вести войну или заключить мир с Великим княжеством Литовским. Большая группа детей боярских использовала созыв Собора, чтобы подать царю коллективную челобитную об отмене опричнины. Челобитчики были сурово наказаны, и царь вернулся к прежней политике. Зимой 1566/1567 гг. началось расширение опричного удела за счёт включения в него новых уездов. В январе 1569 г. в опричнину были взяты Ростов и Ярославль, ростовские и ярославские князья окончательно утратили родовые вотчины. Осенью 1567 г. начались массовые казни «изменников», причём убивали также членов их семей и слуг. Отряды опричников ездили по стране, уничтожая принадлежавшее «изменникам» имущество. Апогеем репрессий стал разгром в начале 1570 г. Новгорода, жителей которого обвинили в том, что они хотели перейти под власть великого князя Литовского и польского короля Сигизмунда II Августа. Были казнены многие сотни людей, их дома разрушали, имущество уничтожали или конфисковывали, были разграблены церкви и монастыри. В июле 1570 г. в Москве прошли массовые казни новгородцев-«изменников» и чиновников московских приказов, обвинённых в сговоре с новгородцами. Политика массового террора негативно сказалась на способности страны к активной внешней деятельности.