В завещании Ивана Васильевича указывалось, что, если кто-либо из ярославских князей захочет «отъехать» к другому государю, он потеряет свои владения. Члены ярославского рода постепенно становились наместниками и воеводами в полках Ивана Васильевича. Аналогичной была судьба ростовских князей. В 1474 г. они продали Ивану Васильевичу свою половину Ростова, которую великий князь отдал матери. Главное внимание Ивана III Васильевича и его советников привлекало в 1460–1470 гг. Новгородское государство. Уже Василий II стремился укрепить свою власть в Великом Новгороде, он даже посетил город в 1460 г. При составлении духовной грамоты Василий II наделил младших сыновей общими владениями великого князя и Великого Новгорода – Волоком Ламским и Вологдой. В начале 1460 гг. отношения Великого Новгорода и Москвы были напряжёнными, так что в Москву должен был поехать Новгородский архиепископ Иона «утолити княж... гнев». Поездка состоялась в конце 1462 г., но «о блазем мире не успеша ничтоже» (Полное собрание русских летописей). Тогда же новгородцы отправили посла в Литву «о княжи возмущении еже на Великии Новъгород» (Полное собрание русских летописей). Соглашение всё же было достигнуто и действовало до конца 1460 гг. В эти годы, сохраняя мир, Иван III Васильевич сумел нанести Великому Новгороду чувствительный удар. В 1465 г. великокняжеские воеводы совершили поход за Урал, на Югру, попавшие в плен югорские князья обязались платить дань. Теперь с богатой пушниной Югры дань поступала не в Великий Новгород, а в Москву. В конце 1460 гг. московско-новгородские отношения обострились. Иван III Васильевич требовал возвращения волостей, занятых новгородцами вопреки условиям Яжелбицкого мира, выплаты доходов, положенных ему как новгородскому князю, новгородцы же отказывались идти на уступки. Иван III Васильевич заявил, что «более того терпети не хочет». В ответ в Великий Новгород в конце 1470 г. прибыл как служилый князь Михаил Олелькович, двоюродный племянник короля Польского и великого князя Литовского Казимира IV Ягеллончика. В случае войны Иван III Васильевич мог столкнуться не только с новгородскими, но и с литовскими войсками. Однако в марте 1471 г. Михаил Олелькович покинул Великий Новгород, рассчитывая овладеть Киевом после смерти своего брата Семёна, и Иван III Васильевич объявил Великому Новгороду войну. Новгородские бояре приняли решение о переходе города под власть Казимира и подготовили проект договора, предусматривавшего выступление Великого княжества Литовского в защиту Великого Новгорода. Быстрые действия Ивана III Васильевича не дали возможности осуществить эти планы. В ходе военной кампании обнаружилась внутренняя непрочность Новгородского государства. Мобилизованные для участия в войне простые новгородцы не хотели умирать за интересы бояр, которые своими действиями вызвали войну.