В результате переговоров произошло их примирение с Иваном II Ивановичем, бояре вернулись в Москву, где В.В. Вельяминов, очевидно, стал тысяцким. Консолидация московской знати была весьма своевременной. Хан Бердибек настаивал на новых выплатах со стороны великого князя. В 1358 г. на Русь прибыл ордынский царевич Маматхожа, потребовавший пересмотра границ Московского и Рязанского княжеств в пользу последнего. В ответ Иван II Иванович не пустил Маматхожу в пределы Московского и Владимирского княжеств («не въпусти его во свою очину въ Руськую землю»). Вскоре выяснилось, что царевич действовал без ханских санкций, в результате интриг в Орде он попал в опалу и был убит, после чего вопрос о пересмотре границ в пользу Рязанского княжества не поднимался. В 1358 г. московские войска заняли Ржеву – бывшее владение смоленских князей, захваченное у них Литовским великим князем Ольгердом; в следующем году город вновь перешёл к Литве. Возросшее значение Москвы в конце правления Ивана II Ивановича отражает чеканка в городе собственной монеты, в настоящее время достоверно известен один её экземпляр. Как и отец, и старший брат, Иван II Иванович осуществлял свою политику в тесном взаимодействии с церковью. Одновременно с вокняжением Ивана II Ивановича на митрополичий престол был возведён Владимирский епископ Алексий, сын московского боярина Фёдора Бяконта. Кандидатура Алексия была предложена его предшественником Киевским митрополитом Феогностом (ум. в 1353 г.) и великим князем Симеоном Гордым. Константинопольская патриархия согласилась на поставление в митрополиты не грека, а русского отчасти и по настоянию Ивана II Ивановича, просившего за Алексия патриарха и императора (об этом упоминает Константинопольский патриарх Филофей Коккин в грамоте о поставлении митрополита Алексия). Впоследствии Иван II Иванович тесно сотрудничал с митрополитом Алексием, который после смерти великого князя много сделал для воспитания его старшего сына и наследника князя Дмитрия Ивановича Донского. Как полагают исследователи, Иван II Иванович поддерживал Алексия в стремлении сохранить единство Русской митрополии, угрозу которому представляли попытки Ольгерда поставить на Киевскую кафедру митрополита Романа. Дело имело политическую подоплёку и сопровождалось конфликтами между Москвой и Литвой. Исследователи поалгают, что с согласия Ивана II Ивановича митрополит Алексий в январе 1359 г. отправился в Киев заручиться поддержкой южнорусских князей; там он был арестован Ольгердом, позднее митрополиту удалось бежать. Агиографические русские памятники XIV–XV вв. позволяют отнести ко времени правления Ивана II Ивановича основание таких обителей, как Симонов Старый московский мужской монастырь в честь Рождества Пресвятой Богородицы и Стефанов Махрищский во имя Святой Троицы мужской монастырь.