Император Анастасий пытался принудить Константинопольского патриарха Македония вступить в общение с Иоанном Никиотом, однако тот отказался, из-за того что Иоанн Никиот открыто анафематствовал Халкидонский собор. После смещения патриарха Македония в 515 г. и его замены патриархом Тимофеем Александрия и Константинополь вновь пытались восстановить общение. Иоанн Никиот и Тимофей обменивались посольствами, однако Тимофей также не пошёл на открытое осуждение деяний Халкидонского собора. Разрыв общения между Александрийской и Иерусалимской церквами произошёл при патриархе Иоанне Имуле. Иоанн Никиот запретил своей пастве даже паломничества в Иерусалим, т.к. церковь Палестины, в основном, поддерживала халкидонское вероучение. При Иоанне Имуле Антиохийский патриарх Флавиан был фактически единственным патриархом, с которым Александрия сохраняла полное церковное общение, однако Иоанн Никиот разорвал отношения и с ним. Несмотря на лояльность к монофизитам, Флавиан никогда не шёл на открытое анафематствование Халкидонского собора, что было неизменным требованием Иоанна Никиота. В 512 г. Иоанн Никиот приветствовал низложение патриарха Флавиана и избрание на Антиохийскую кафедру Севира. Он обменялся с ним синодиками и впоследствии состоял в переписке. При этом синодик Севира по приказу Иоанна Никиота зачитывался во всех храмах Египта как изложение истинной веры. Тем не менее, Иоанну Никиоту так и не удалось добиться примирения с александрийскими акефалами (диоскоритами), которые подозрительно относились к контактам патриарха с Константинополем. По свидетельству Севира ибн аль-Мукаффы, Иоанн Никиот написал много книг и гомилий, однако его сочинения не сохранились. Феофан Исповедник под 509 г. упоминает о конфликте Иоанна Никиота с комитом Египта Дагалайфом из-за некоего Геннадия Фикопетра. Спор церковной и светской властей вылился в открытое противостояние на улицах Александрии, когда солдаты комита сожгли дом Иоанна Никиота, а народ – дом Фикопетра. В хронике Виктора Туннунского под 507 г. рассказывается, что все жители Александрии, кроме приезжих, вдруг были поражены демонами. Много дней и ночей бесноватые бегали по городу и лаяли. Когда же их для исцеления связанными цепями приводили в церковь, они «пожирали собственную плоть». Тогда некоторым людям явился ангел, который объявил, что это наказание за анафематствование Халкидонского собора, и что никто впредь не должен выступать против решений Собора. Тот же легендарный рассказ кратко воспроизводит Феофан Исповедник под 516 г.