Несколько раз (в августе 1771, 1778 и 1780 гг. и др.) Иероним посещал Саровскую в честь Успения Пресвятой Богородицы пустынь, в 1775–1783 гг. вёл регулярную переписку со строителями-иеромонахами Ефремом (Коротковым), которого почитал как «старца праведного», и Пахомием (Леоновым). 6 декабря 1776 г. Иероним рукоположил во иерея саровского насельника Назария (Кондратьева), будущего игумена Спасо-Преображенского Валаамского монастыря. Публикация проповеди Иеронима при освящении 15 августа 1778 г. нового Успенского собора Саровской пустыни считается первым печатным источником по истории этой обители (СПб., 1778 г.). После освящения собора Иероним побывал в пещерной церкви, устроенной первоначальником Иоанном, и пожелал возобновить в ней богослужение. Посетивший Саров вместе с архиереем помещик Николай Афанасьевич Радищев (отец Александра Николаевича Радищева) обещал выделить средства на обновление храма. После ремонта 15 августа 1780 г. Иероним освятил пещерную церковь во имя преподобных Антония, Феодосия и всех Киево-Печерских отцов. В эти годы Саровская пустынь несколько раз подвергалась нападениям грабителей. Осенью 1779 г. строитель иеромонах Пахомий просил Иеронима прислать в его распоряжение шесть солдат под командованием унтер-офицера, чтобы разбойники «не сделали на ту пустынь нашу нападения и при разграблении не привели бы оную пустынь огненным поджогом в конечное истребление». Военные привезли с собой несколько чугунных пушек, которые были установлены около северо-западной угловой башни и направлены в сторону моста через реку Сатис. Много внимания Иероним уделял Санаксарскому темниковскому монастырю, который его «радовал... своим благоустройством и душеспасительным поведением». При Иерониме в обители проводились ремонтные и строительные работы, в нижнем этаже соборного храма устроена и в 1776 г. освящена церковь в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи; 16 августа 1780 г. Иероним переосвятил престол верхней соборной церкви в честь Рождества Пресвятой Богородицы.