2 января 1876 г. – на место предполагаемой постройки новой обители в долине реки Псырцха, у развалин древнего храма во имя апостола Симона Кананита. Земельный участок был выделен наместником Кавказа великим князем Михаилом Николаевичем в «неотъемлемое достояние этой обители». В письме на Афон от 14 января 1897 г. Иерон упоминал: «По прибытии на избранное для возведения монастыря место мы нашли его всё густо заросшее лесом, переплетённым колючкою, а близ реки Псыртсхи – большое заросшее болотными растениями гнилое болото». Лично принимал участие в расчистке места для первых монастырских зданий – храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы (освящён 17 октября 1876 г.), школы для абхазских мальчиков и др. В начале апреля 1877 г., с началом Русско-турецкой войны, Иерон оставил обитель и находился с частью братии (всего насчитывавшей 14 человек) в Богородице-Рождественском монастыре Гелати, ежедневно совершал богослужения; некоторые иноки, пройдя медицинскую подготовку, служили санитарами в военном госпитале в Тифлисе. В октябре 1878 г. Иерон вернулся в Новоафонскую обитель, восстановил разрушенные во время войны здания. После утверждения императором Александром II определения Синода «Об учреждении мужского Ново-Афонского Симоно-Кананитского монастыря в Сухумском отделе Закавказского края» (8 декабря 1879 г.) обитель стала быстро созидаться, «соблюдая, как отрасль Афонского Пантелеимонова монастыря… общежительный устав афонских монастырей». После кончины (17 ноября) иеромонаха Арсения (Минина) старцы Пантелеимонова монастыря назначили Иерона наместником Новоафонской обители. В апреле 1880 г. в Пантелеимоновом монастыре Иерон был избран (из пяти кандидатов посредством жребия) новоафонским игуменом. 4 мая в Покровском соборе Пантелеимонова монастыря, во время литургии, Иерон был произведён во игумена Новоафонского монастыря. Игуменский жезл вручил митрополит Пентапольский (Александрийского патриархата) Нил, пребывавший на Афоне на покое. 7 мая Иерон был утверждён в этой должности священноначалием Пантелеимонова монастыря и в тот же день выехал на место служения. В период пребывания в Пантелеимоновом монастыре принял постриг в великую схиму с тем же именем. С помощью оригинальных инженерно-строительных решений под руководством Иерона в Новоафонском монастыре были произведены следующие работы: восстановлен из руин и 10 мая 1882 г. освящён храм во имя апостола Симона Кананита; выстроен так называемый верхний монастырь, в нём сооружены трёхэтажные братские корпуса, возведены собор во имя великомученика Пантелеимона и пять храмов-параклисов в братских корпусах.