Скончался в архиерейском доме от «закупорки мозговых артерий». На погребение от Синода был командирован архиепископ Виленский и Литовский Никандр (Молчанов). 4 ноября он в сослужении епископа Евлогия, архимандрита Дионисия (Валединского) и других представителей варшавского духовенства возглавил заупокойную литургию и чин отпевания в Троицком соборе. На церемонии присутствовали варшавский генерал-губернатор Георгий Антонович Скалон и градоначальник Варшавы генерал Николай Валерианович Бибиков. Погребён под престолом в нижнем храме построенной им церкви Иоанна Лествичника в Варшаве. После похорон в одну из карет процессии местными террористами была брошена бомба. 1 ноября 1906 г. над местом упокоения Иеронима, в нижней церкви-памятнике, обустроенной по проекту архитектора Петра Александровича Феддерса, кафедральным протоиереем Павлом Каллистовым был освящён престол во имя пророка Илии и преподобного Иеронима Стридонского – небесных покровителей Иеронима в миру и в монашестве. В храме в эти дни молились архиепископ Никандр, епископ Евлогий и архимандрит Дионисий. Свято-Троицкое братство, попечителем и жертвователем которого был Иероним, издало подробную иллюстрированную биографию владыки, дополненную его проповедями и воспоминаниями современников. Книга бесплатно раздавалась членам братства, преимущественно священнослужителям. В том же году в Киеве вышла фундаментальная биография с многочисленными приложениями, , как полагают исследователи, смотрителем Варшавского духовного училища Василием Николаевичем Щегловсоставленнаяым. Иероним был награждён орденами св. Владимира третьей и второй степени, св. Анны первой степени, св. Александра Невского, двумя Высочайше пожалованными панагиями, украшенными драгоценными камнями (одна – 14 мая 1896 г.). С 8 ноября 1899 г. – почётный член Казанской духовной академии. Сын Иеронима Василий (1874/1875 – 1933 гг.) – выпускник Киевской духовной академии (1901 г., докторская диссертация «Библейское и святоотеческое учение о сущности священства», Киев, 1904 г.), профессор нравственного богословия в Киевской духовной академии. В 1912 г. лишён кафедры в связи с публикацией статьи «Граф Лев Николаевич Толстой и святой Иоанн Златоуст в их взгляде на жизненное значение заповедей Христовых» (О религии Льва Толстого. М., 1912 г.). Возглавлял Киевское религиозно-философское общество, был редактором-издателем киевского журнала «Христианская мысль» (1916–1917 гг.), богословом и публицистом, специалистом по вопросам социального служения в церкви (монография «Учение Древней Церкви о собственности и милостыне». Киев, 1910 г.). Собрал коллекцию из более чем 10 тыс. изображений «Лики Христа в мировой живописи». Похоронен в Киеве.