В Камчатской епархии «Правила...» не привели к ожидаемому подъёму церковноприходской жизни. Единственный церковный совет был ненадолго открыт в Благовещенске. Распоряжения об открытии советов в Николаевске (ныне Николаевск-на-Амуре) и других местах выполнены не были. В прошениях в Синод Иннокентий предлагал главным источником строительства церквей сделать казённые ассигнования ввиду пассивности и бедности прихожан. Благосклонно отозвался о книге «Описание сельского духовенства» священника Ивана Степановича Беллюстина, считал, что «в ней правды много». Иннокентий поддерживал реформаторские начинания правительства Александра II, в том числе отмену крепостного права, призывал уменьшить влияние светской бюрократии на дела церковного управления, укрепить авторитет архиереев и усилить их власть, оживить приходскую жизнь. Положительно оценил факт продажи США русских владений в Америке, видел в этом путь Провидения к утверждению православия в Америке и предлагал провести ряд неотложных мер по устройству там православной церкви. 4 апреля 1865 г. Иннокентий был назначен членом Синода. После кончины митрополита Филарета 5 января 1868 г. указом Александра II Иннокентий был назначен митрополитом Московским и Коломенским. Прибыл в Москву 25 мая того же года. Стиль управления епархией Иннокентия отличался открытостью, доступностью, простотой обращения, мягкостью и терпимостью по отношению к людям, стремлением дать простор их творчеству и инициативе. Он окружил себя талантливыми помощниками, среди них – викарный епископ Дмитровский Леонид (Краснопевков), ректор Московской духовной академии протоиерей Александр Васильевич Горский, протоиерей Алексий Иосифович Ключарёв (впоследствии Харьковский архиепископ Амвросий), архимандрит Амфилохий (Сергиевский-Казанцев; впоследствии епископ Угличский), священники Александр Иванцов-Платонов, Платон Капустин и др. Среди светских сотрудников Иннокентия были губернатор Москвы князь Василий Александрович Долгоруков, государственные деятели Помпей Николаевич Батюшков и князь Владимир Александрович Черкасский, писатели Иван Сергеевич Аксаков и Дмитрий Фёдорович Самарин, историки Сергей Михайлович Соловьёв и Михаил Петрович Погодин, предприниматели Фёдор Васильевич Чижов, Пётр Васильевич Щапов, Василий Михайлович Бостанжогло, Иван Четвериков. Выдающаяся работоспособность, исключительная память, талант администратора позволяли Иннокентию до последних месяцев жизни, несмотря на прогрессирующую потерю зрения, оставаться действующим митрополитом, держать одновременно под контролем множество разнообразных дел, о чём свидетельствуют выявленные в архивах тысячи его собственноручных резолюций.