16 мая того же года между Россией и Китаем был заключён Айгунский договор, согласно которому земли Амурского края переходили к России. По этому поводу 18 мая в Благовещенске Иннокентий отслужил благодарственный молебен. В речи, обращённой к Н.Н. Муравьёву-Амурскому, отметил значение присоединения края как для России, так и для православной церкви. 22 июня в Мариинском посте Иннокентий освятил первый православный храм на берегах Амура. Отныне умножение церквей и приходов, обустройство причта на Амуре стали одной из его главных забот. В 1859 г. открыл пять приходов на Амуре, направил туда священников, руководил работами по переносу архиерейской кафедры в Благовещенск. 19 июля 1859 г. в Троицком соборе Якутска Иннокентий совершил первую литургию на якутском языке. По отзывам современников, это событие имело чрезвычайное значение для жизни края. Участвовал в разработке Пекинского договора, подписанного 2 ноября 1860 г. и закрепившего за Россией Уссурийский край. В сентябре 1861 г. вместе с начальником русской эскадры на Дальнем Востоке контр-адмиралом Иваном Фёдоровичем Лихачёвым посетил порт Хакодате в Японии, общался с начальником Японской духовной православной миссии архимандритом Николаем (Касаткиным; впоследствии архиепископ Японский). В 1862 г. прибыл в Благовещенск – свою новую резиденцию. К началу 1859 г. Иннокентием и Н.Н. Муравьёвым-Амурским были совместно разработаны и утверждены «Правила об обеспечении духовенства в Амурской и Приморской областях». Их появление было вызвано пониманием Иннокентием общего нестроения приходской жизни: ослабления духовно-нравственной связи между пастырями и пасомыми, формального исполнения обязанностей первыми и равнодушия последних к содержанию духовенства. «Правила...» вносили серьёзные преобразования в строй церковноприходской жизни региона, вводили новые самоуправляющиеся организации – всесословные церковные советы, в задачи которых входили удовлетворение всех нужд церквей и причта, обеспечение священно- и церковнослужителей. На советы возлагались широкие просветительные и благотворительные функции в приходе, Иннокентий считал их необходимыми для устройства гражданского быта в крае. После одобрения Синодом 23 декабря 1859 г. «Правила...» были утверждены Александром II. Инициатива Синода в распространении их на все епархии империи (кроме западных) была отклонена светскими властями. Некоторые идеи «Правил...» отразились в положении «О приходских попечительствах при православных церквах» от 2 августа 1864 г. Но в отличие от «Правил...», оставлявших всю церковную кассу в ведении церковных советов, положение предусматривало изъятие основной части церковных доходов в пользу консисторий и Синода.