Необходимость личного участия в делах миссий и приходов побуждала Иннокентия отправляться в далёкие рискованные путешествия по Камчатскому краю и Восточной Сибири. В 1842–1843 гг. он объехал всю епархию. Выехал из Новоархангельска 8 мая 1842 г., в пути побывал на островах Уналашка, Еловый (ныне Спрус), Атка, Унга, Прибылова и Беринга. 19 августа прибыл в Петропавловск (ныне Петропавловск-Камчатский), где служил в соборе св. апостолов Петра и Павла, 17 сентября освятил в нём придельный храм. Затем совершил переход через Чукотку до Охотска на собаках и оленях. Занимался устройством епархиальных дел, организацией миссий среди местных народов. Преодолев более 5 тыс. вёрст, 6 сентября 1843 г. вернулся на остров Баранова. Результаты поездки отразились в путевом журнале Иннокентия, представленном им в Синод. В нём были охарактеризованы особенности усвоения православия местными жителями, а также определены задачи миссии: утверждение благочестия в пастве, повторное обращение отпавших от православия, просвещение язычников. В 1845–1846 гг. Иннокентий осуществил второе путешествие по Камчатской епархии, 2 июня 1845 г. прибыл в Петропавловск. 1 декабря того же года открыл в Новоархангельске духовную семинарию на базе духовного училища вместо закрытой им ранее семинарии в Петропавловске. В духовной семинарии обучались креолы и туземцы. Как и основанная Иннокентием в 1843 г. миссионерская школа в Новоархангельске, она послужила укреплению православия среди алеутов, тлинкитов и креолов, населявших Аляску и примыкавшие к ней острова. 2 июля 1845 г. он писал обер-прокурору Н.А. Протасову, что задачей просвещения должно стать укоренение, прежде всего, благочестия и нравственности среди детей: «Измерение просвещения народного числом грамотеев, кажется, очень может быть ошибочно, потому что грамотность без нравственности у простого народа есть то же, что нож у своевольного ребёнка. Кто, большею частию, причиной различных расколов? – Безнравственные грамотеи. И, следовательно, кто опаснее для спокойствия Отечества? – Безнравственные грамотеи». Иннокентий считал необходимым обучение детей при церквах и возложение преподавания на священников под надзором благочинных и архиереев. С мая 1846 г. по август 1847 г. Иннокентий путешествовал по Камчатке и Охотской области с длительной остановкой в Аяне, занимался осмотром и строительством церквей и часовен, рассматривал донесения от миссионеров Кенайской и Куикпакской миссий. К 1848 г. под его наблюдением был возведён новый, трёхпрестольный кафедральный собор архангела Михаила в Новоархангельске; в 1841–1850 гг. построены церковь в архиерейском доме и церковь для тлинкитов в Новоархангельске, храмы в Кенае, Нушагаке и Куикпаке.