В столице в июне 1839 г. был принят Новгородским и Санкт-Петербургским митрополитом Серафимом (Глаголевским) и обер-прокурором Святейшего Синода графом Николаем Александровичем Протасовым, которому представил «Обозрение православной церкви в Российских поселениях в Америке, с своим мнением об улучшении состояния оной». В «Обозрении...» священник Иоанн предлагал учредить в Северной Америке постоянную миссию, увеличить количество церквей и численность причта, изменить условия работы и оплаты труда миссионеров-священников. Ввиду отдалённости территории от епархиального центра (Иркутска) он настаивал на расширении властных полномочий благочинного, чтобы тот мог перемещать священников в зависимости от нужд епархии, за недостойное поведение наказывать вплоть до запрещения в священнослужении и высылки без предварительного донесения епархиальному начальству. Священник Иоанн поехал для сбора пожертвований в Москву, где познакомился с Филаретом (Дроздовым), с протоиереем Иваном Николаевичем Рождественским, с представителями фамилий Шереметевых, Свербеевых, Чаадаевых, с благотворительницей Татьяной Борисовной Потёмкиной, с Константином Сергеевичем Аксаковым и Алексеем Степановичем Хомяковым. В Москве священник Иоанн занимался публикацией своих научных трудов и переводов. В 1839–1840 гг. вышли из печати «Краткий христианский катехизис» и Евангелие от Матфея на алеутском языке, а также «Указание пути в Царствие Небесное» и др. 25 декабря 1839 г. в Санкт-Петербурге И.Е. Вениаминов был возведён в сан протоиерея. В начале 1840 г. получил известие о кончине супруги в Иркутске. 30 апреля 1840 г. Синод по его записке вынес определение об образовании постоянной миссии в Северной Америке и об «учреждении благочиннического ведомства над местным духовенством». Протоиерею Иоанну поручалось составить и представить Синоду особую инструкцию, определяющую права и обязанности духовенства в Северной Америке. Исполняя это поручение, он в сентябре 1840 г. написал «Наставление священнику, назначаемому для обращения иноверных и руководствования обращённых в христианскую веру» (утверждено указом Синода от 10 января 1841 г.). «Наставление...» стало инструкцией для многих поколений православных миссионеров. Протоиерей Иоанн требовал от них твёрдой веры и любви к обращаемым, смирения и кротости в беседах и проповедях, дружелюбного отношения к тем, кто не желают принять крещение. Он указывал: «...Догматов веры и сущности деятельного учения держаться надлежит так твёрдо, чтобы ничего противного им не говорить и не допускать, хотя бы угрожала тебе явная смерть. Но снисхождение новообращающимся, яко младенцам в вере, в рассуждении некоторых недостатков обрядовых необходимо надлежит оказывать, частию по местным обстоятельствам, частию в ожидании утверждения их в вере и в жизни».