Вскоре Иннокентий переехал в Ташкент. Участвовал в первой сессии поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. В апреле 1918 г. возведён в сан архиепископа. Используя предоставленные патриархом Тихоном права самоуправления, учредил в епархии новые викарные кафедры в городе Аулие-Ата (ныне Тараз) и городе Асхабад (ныне Ашхабад). В феврале 1921 г. привлёк к иерейскому служению Валентина Феликсовича Войно-Ясенецкого (впоследствии архиепископ Лука) и поручил ему произнесение проповеди в кафедральном соборе (сам проповедовал редко). В 1922 г. Иннокентий первоначально выступил против обновленчества, призвав сохранять верность патриарху Тихону. 3 октября 1922 г. в связи с арестом патриарха и захватом власти в церкви обновленческим Высшим церковным управлением (ВЦУ) объявил о создании Туркестанской автокефалии. Против Иннокентия была организована кампания в местной печати. Опасаясь ареста, 29 января 1923 г. Иннокентий покинул паству и выехал в Москву, пытался получить разрешение на эмиграцию. Несмотря на коллективные обращения верующих с просьбой вернуться в Ташкент для управления епархией на канонических основаниях, остался в Москве. В марте 1924 г. уволен обновленческим ВЦУ на покой. В том же году назначен обновленческим синодом «архиепископом» Курским и Обоянским. Организовал в Курске обновленческое епархиальное управление, деятельность которого по «удушению Тихоновщины» была отмечена ОГПУ. В начале сентября 1924 г. как обновленческий «митрополит» Киевский и Галицкий устроил «набег» на Киево-Печерскую лавру, где отслужил в Великой церкви. Член обновленческого Всеукраинского синода. На «Всеукраинском предсоборном совещании» (ноябрь 1924 г.) выступил с резкими нападками против иноков монастырей Украины, сохранивших в большинстве верность патриарху Тихону; предложил организовать обновленческое монашество. Стал организатором захвата обновленцами Киево-Печерской лавры. В апреле 1925 г. вёл переговоры с управляющим православной Харьковской епархией Сумским епископом Константином (Дьяковым; впоследствии митрополит), но не сумел привлечь представителей православной церкви к участию в украинском обновленческом Соборе.