В конце сентября 1671 г. крылошане Свято-Юрского собора и около 20 протопопов поддержали Иосифа (Шумлянского) во Львовском гродском суде. В 1670 г. при посредничестве королевского двора, покровительствовавшего тогда Иеремии, между архиереями в Варшаве было заключено соглашение об отказе Иосифа (Шумлянского) от Львовской кафедры, о возможности его перевода на Мстиславско-Оршанско-Могилёвскую епископию и о выплате ему компенсации. Однако Иосиф (Шумлянский) нарушил эти условия и продолжал борьбу за епархию, игнорируя декреты короля об отстранении от кафедры и об уплате компенсации Иеремии. После вступления в 1674 г. на королевский престол Яна III Собеского, поддерживавшего Иосифа (Шумлянского), который неоднократно оказывал королю услуги в переговорах с властями правобережного гетманства, борьба Иеремии за Львовскую кафедру была проиграна. Целью конфессиональной политики Яна III Собеского стало введение «новой унии» в остававшихся православными епархиях Речи Посполитой. Король в своих действиях опирался на Иосифа (Шумлянского), который, хотя поначалу и не был сторонником такого рода проектов, но зарекомендовал себя лояльным по отношению к государству и достаточно эффективным политиком (а в 1677 г. епископ Иосиф (Шумлянский) начал переговоры с Римской курией о присоединении к унии). 16 сентября 1674 г. король издал грамоту, подтвердившую права Иосифа (Шумлянского) на Львовскую кафедру, мотивируя это решение его «заслугами перед Речью Посполитой». В грамоте от 10 марта 1675 г., адресованной православной иерархии в Польско-Литовском государстве, король, обвинив Иеремию в симонии и во вмешательстве в чужую юрисдикцию, предложил ему удалиться в один из православных монастырей. Игнорируя позицию шляхты Русского воеводства, изложенную на Вишенском сеймике, Ян III Собеский 6 февраля 1676 г. окончательно утвердил епископа Иосифа (Шумлянского) на Львовской кафедре (10 мая предшествующего года король назначил Иосифа (Шумлянского) управляющим Киевской митрополией вместо Иосифа (Нелюбовича-Тукальского), который вскоре (26 июля) скончался). 25 мая 1677 г. люблинский трибунал объявил Иеремии «инфамию» (бесчестье – юридическое состояние, сопряжённое с лишением прав) и постановил изгнать его из страны. Место и дата кончины Иеремии исследователям неизвестны. В последний раз его имя упоминается в постановлении Галицкого гродского суда от 1 июня 1678 г., касающемся родового имения архиерея Свистельники.