30 ноября 1679 г. Иннокентий писал царю Фёдору Алексеевичу об универсале польского короля, приглашавшего православных в Люблин для «некоторого с униатами разговора», от которого православная сторона уклонилась. Иннокентий неоднократно обращался в Москву с просьбами о защите и финансовой помощи для Киево-Печерского монастыря, и его ходатайства не оставались без ответа. В 1661 г. он жаловался царю на московских ратных людей, разоривших монастырские владения, и просил компенсировать убытки. В феврале 1669 г. Алексей Михайлович послал в монастырь соболей на 500 руб. и 500 золотых червонцев, осенью того же года были присланы деньги на достройку колокольни. 15 апреля 1669 г. Иннокентий вместе с братией обратился к царю с просьбой об утверждении за Киево-Печерским монастырём его владений и о подтверждении независимости обители от Киевского митрополита (царская грамота на имения монастыря была послана 5 мая того же года). После захвата турецкой армией Каменца в 1672 г. Иннокентий вместе с Лазарем (Барановичем) и Феодосием (Сафоновичем) подписал обращение к царю и другим христианским правителям с призывом дать отпор «неверным». Посланная царём на защиту Киева армия во главе с князем Юрием Петровичем Трубецким была торжественно встречена Иннокентием в середине февраля 1673 г. 8 марта 1680 г. Иннокентий посылал в Москву старцев Паисия, Варлаама (Ясинского) и писаря Ивана Васильевича Армашенко с просьбой пожаловать Киево-Печерскому монастырю обитель в Брянске или в Трубчёвске в качестве укрытия на случай неприятельского нападения. По грамоте царя Фёдора Алексеевича к Киево-Печерскому монастырю в следующем году были приписаны Свенский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь близ Брянска и Чёлнский в честь Преображения Господня монастырь близ Трубчёвска. Помимо помощи Киево-Печерскому монастырю царский двор оказывал Иннокентию другие знаки внимания. Так, в 1681 г. Фёдор Алексеевич послал ему только что опубликованный «Обед душевный» Симеона Полоцкого, в 1683 г. царская семья в качестве поминального вклада по Фёдору Алексеевичу пожаловала обители богослужебные облачения. Иннокентий руководил типографией Киево-Печерского монастыря, принимал участие в подготовке изданий, в частности, благословил «Патерик, или Отечник, Печерский» (1661 г.), предварительно просмотрел и внёс исправления в сочинение Лазаря (Барановича) «Трубы словес проповедных на нарочитыя дни праздников», опубликованное киево-печерской типографией в 1674 г. В 1672 г. направил в Москву монахов для устройства книжной лавки и организации продажи изданий Киево-Печерского монастыря; поддерживал отношения с видными деятелями Киевской митрополии.