В 1660–1670 гг. в донесениях киевских воевод в Москву Иннокентий неизменно характеризовался как один из наиболее верных сторонников России среди украинского православного духовенства. В трудных ситуациях Иннокентий помогал воеводам деньгами и продовольствием. Во время поднятого гетманом И.М. Брюховецким восстания в феврале 1668 г. Иннокентий не впустил мятежников в Киево-Печерский монастырь, выступив против них со всеми монастырскими людьми. Иннокентий неоднократно выполнял посредническую миссию в отношениях русского правительства с гетманами. Лояльность к России сочеталась у него с приверженностью политике сохранения Киевской митрополии в юрисдикции Константинопольского патриарха (несмотря на неоднократно высказывавшееся царём пожелание о переходе митрополии под власть Московского патриарха). Так, в 1666 г. Иннокентий заявил московскому послу Ионе Леонтьевичу, что в случае назначения в Киев митрополитом великоросса (о чём просил в Москве гетман И.М. Брюховецкий), он запрётся со старцами в монастыре. Однако в позиции Иннокентия были существенные особенности. При определённых условиях и он, и киевское духовенство могли выйти из подчинения Константинополю, но для них было важно, чтобы Киевский митрополит избирался местным духовенством, а не присылался из Москвы. Именно об этом просило Алексея Михайловича посольство киевского духовенства, отправленное в Москву в первой половине 1666 г. Иннокентий относился к той части украинского духовенства, связи которой с Москвой с течением времени становились всё более тесными, а желание отстаивать автономию ослабевало. Иннокентий стремился привлечь внимание русского правительства к тяжёлому положению православных в Польско-Литовском государстве. В январе 1669 г. он переслал в Москву проект, разработанный православным духовенством Речи Посполитой и предусматривавший осуществление ряда мер в защиту православных. Позднее через гетмана Демьяна Игнатьевича Многогрешного Иннокентий просил защитить православных в Полоцке, Витебске, Могилёве, а в конце 1670 г. составил и отослал в Москву свой проект защиты православных в Речи Посполитой. Он регулярно сообщал в Москву о положении дел на Правобережной Украине и в Польско-Литовском государстве, поддерживал переписку с царским двором, с руководителями Посольского и Малороссийского приказов Афанасием Лаврентьевичем Ординым-Нащокиным и Артамоном Сергеевичем Матвеевым, а также с архимандритом московского Чудова монастыря Иоакимом (Савёловым; впоследствии патриарх Московский и всея Руси). В период начавшегося в Польше в 1668 г. «бескоролевья» Иннокентий сообщил в Москву через Лазаря (Барановича) о памфлете, направленном против царевича Алексея Алексеевича, который считался кандидатом на польский престол.