20 марта печерский архимандрит писал Алексею Михайловичу о митрополите Иосифе как о «благочестивом, православия презельном ревнителе» и уверял, что Гетманство не перейдёт под власть Османской империи. Однако в Москве располагали сведениями о протурецкой позиции митрополита Иосифа (видимо, поэтому защищавший митрополита Иннокентий не рассматривался русским правительством в качестве возможного кандидата на Киевскую кафедру). Митрополит Иосиф не только не выступил против П.Д. Дорошенко, но всячески поддерживал его действия и в 1668 г. получил от турецкого султана привилей на Киевскую митрополию. Разрыв между Иннокентием и митрополитом Иосифом произошёл в середине 1672 г., когда на украинские земли вступило большое турецкое войско во главе с султаном Мехмедом IV. Летом 1672 г. «за приводом и приказом отца Тукальского» Могилёвский епископ Феодосий (Василевич), наместник митрополита в Великом княжестве Литовском, захватил имения Киево-Печерского монастыря под Могилёвом. К этому времени отношения между Иннокентием и епископом Феодосием приняли форму конфронтации. В 1670 г. литовский трибунал приговорил Иннокентия к крупному штрафу за оскорбительные для Феодосия «пасквили». После потери имений Киево-Печерского монастыря под Могилёвом Иннокентий говорил, что «злой гонитель» (так он назвал митрополита Иосифа) намерен занять с османами Киев и завладеть Печерским монастырём, выгнав оттуда архимандрита и братию. По поручению русского правительства в июне 1673 г. Иннокентий отправил к митрополиту Иосифу иеромонаха Серапиона (Полховского) с посланием, в котором содержался призыв перейти под власть царя. В том же году Иннокентий трижды посылал иеромонаха Серапиона к гетману П.Д. Дорошенко с письмами, призывавшими разорвать союз с «бусурманами» и присоединиться к России. С просьбой повлиять на митрополита к Иннокентию обращались и польские власти. В 1670 г. на переговорах с Речью Посполитой в Остроге представители Войска Запорожского главным условием возвращения Правобережья под польскую власть ставили полную ликвидацию унии. Польские политики связывали появление острых формулировок с украинской стороны с влиянием митрополита Иосифа (Нелюбовича-Тукальского), и король пытался через Иннокентия убедить митрополита, чтобы тот способствовал заключению соглашения (переговоры завершились безрезультатно). В 1676 г., когда в Константинополе узнали о смерти митрополита Иосифа, последовавшей 26 июля 1675 г., патриарх Парфений IV отправил грамоту с предложением возвести на Киевскую кафедру Иннокентия, однако на сейме 1676 г. король Ян III Собеский передал управление митрополией Иосифу (Шумлянскому).