После смерти митрополита Сильвестра в 1657 г. представители киевского духовенства выдвинули Иннокентия кандидатом на митрополичью кафедру и обратились за поддержкой к царскому послу Василию Петровичу Кикину, обещая, что в случае избрания Иннокентия митрополия перейдёт под власть Московского патриарха. Кандидатура лояльного по отношению к России Иннокентия не была поддержана гетманом Иваном Евстафьевичем Выговским, выступавшим за возвращение Гетманства в состав Польско-Литовского государства. В начале 1658 г. на митрополичью кафедру был избран Луцкий епископ Дионисий (Балабан-Тукальский), Иннокентий и другие киевские архимандриты и игумены на выборы не были приглашены. В конце 1650 гг. сложились дружеские отношения между Иннокентием и Иосифом (Нелюбовичем-Тукальским), который с середины 1650 гг. был архимандритом Лещинского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря (впоследствии Киевский митрополит). 5 января 1658 г. архимандрит Иосиф и Иннокентий обратились с посланием к Алексею Михайловичу, в котором призывали не верить полякам и принять меры к искоренению унии на белорусских землях. Будучи убеждены во враждебности к православию как властей, так и шляхты Польско-Литовского государства, авторы послания связывали укрепление позиций православной церкви в Восточной Европе с помощью русского монарха. В том же году Иннокентий обратился к царю с челобитной о подтверждении прав Киево-Печерского монастыря на его владения, царская грамота с положительным ответом была написана 31 августа 1658 г. Иннокентий выступил против договора, заключённого 16 сентября 1658 г. в Гадяче между гетманом И.Е. Выговским и Речью Посполитой, по которому в отмену решений Переяславской рады 1654 г. верхнее Поднепровье возвращалось под власть польского короля в качестве автономного Великого княжества Русского. Иннокентий отказался от участия в сейме 1659 г., который должен был утвердить Гадячский договор, поэтому король Ян Казимир обещал передать Киево-Печерский монастырь митрополиту Дионисию (однако это решение не было реализовано). После того как недовольные Гадячским договором казаки в 1659 г. низложили И.Е. Выговского, гетманом стал Юрий Богданович Хмельницкий, поначалу признавший решение Переяславской рады 1654 г., но осенью 1660 г. присягнувший польскому королю. В 1661 г. Иннокентий убеждал Ю.Б. Хмельницкого вернуться под власть царя. По Андрусовскому перемирию 1667 г. (и «Вечному миру» 1686 г.) Левобережная Украина вошла в состав России. Иннокентий ходатайствовал перед царём о том, чтобы, несмотря на условия Андрусовского договора, Киев не был передан Польше и об участии украинской стороны в переговорах России с Польшей.