В 1730 г. Феофан поддержал восстановление самодержавной власти новой императрицы Анны Иоанновны при попытке Верховного тайного совета её ограничить. В результате архиепископ Феофан стал первой фигурой в Синоде и начал притеснять своих противников. В 1730 г. в Синоде было возбуждено дело по обвинению Воронежского епископа Льва (Юрлова), вовремя не объявившего народу манифест о воцарении императрицы и не возносившего её имени за литургией в должной форме. Игнатий и архиепископ Георгий пытались не дать хода в Синоде делу епископа Льва, но этим воспользовался архиепископ Феофан, который придал поступку своих оппонентов политическую окраску, добился осуждения епископа Льва, а затем следствия по делу «укрывавших» его преступление лиц. 30 августа того же года Игнатий и архиепископ Георгий были удалены из Синода и доставлены в Москву для допроса в Сенате. Согласно вынесенному в феврале 1731 г. приговору, Игнатий был лишён архиерейского сана и в качестве простого монаха сослан в свияжский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь. В ноябре 1731 г. против Игнатия были выдвинуты обвинения в связи с его «дружбой» с Казанским митрополитом Сильвестром (Холмским), который относился к ссыльному с уважением, обращался к нему со словами «владыко святый», при себе позволял ему благословлять других. В разговоре с митрополитом Сильвестром Игнатий якобы заявил: «Вот-де лишили меня сана напрасно, а ей ли, бабе, архиерея судить!» В ноябре 1731 г. архиепископ Феофан объявил Синоду приказание императрицы Анны Иоанновны доставить Игнатия в Москву «под крепким арестом для допроса». Игнатий утверждал, что вины за собой не знает, но всех своих слов точно не помнит, поскольку в то время был пьян. Дело в отношении Игнатия и Сильвестра перешло в Тайную канцелярию, которая 30 декабря того же года определила, что «бывший Коломенский архиерей» за «жесточайшее преступление» подлежал «жестокому истязанию», но по снисхождению императрицы отправлен под караулом в Корельский во имя святителя Николая Чудотворца монастырь. Игнатию предписывалось «быть... в том монастыре безвыходно, и писем никаких ему писать не давать, и к нему никого не допускать. А буде к нему от кого присылать будут письма, оные осматривать и читать. И ежели какое подозрение явится, то оного чернеца Игнатия держать под крепким караулом; и содержать его в пище и в прочем как простого монаха». После смерти Анны Иоанновны начался пересмотр дел «невиннососланных» в её царствование. 21 октября 1741 г. было дозволено освободить Игнатия из заточения и определить в Корельский монастырь простым монахом, причём отпускать ему содержание «против прочей братии впятеро». Синод обратился к императрице Елизавете Петровне с просьбой вернуть опальным архиереям, в том числе Игнатию, «яко довольно уже пострадавшим», сан, в котором они «могли и жизнь свою окончить». Просьба была удовлетворена, однако Игнатий скончался до этого, вскоре после получения известия о своём освобождении.