С середины XII в. папские и епископские индульгенции использовались для сбора средств на выкуп христиан из сарацинского, позднее из турецкого плена, распространением которых, главным образом, занимались монашеские ордена тринитариев и мерседариев. С середины XIII в. выдавались также индульгенции за помощь потерпевшим кораблекрушение. В этот же период начинают выдаваться папские индульгенции для привлечения пожертвований на содержание школ и университетов. Помимо материальных целей дарование индульгенций нередко использовалось для решения социально-политических задач. Например, в 1229 г. папский легат объявил полную индульгенцию для профессоров и студентов, которые будут учиться и преподавать в освобождённой от катаров Тулузе, чтобы противостоять ещё сохранявшемуся влиянию еретиков в этом регионе. В 1230 г. папа Римский Григорий IX предоставил полную индульгенцию всем, кто поселялся на отвоёвывавшемся у мавров острове Мальорка. С 1493 г. папой Римским Александром VI подобная индульгенция даровалась тем, кто с разрешения испанского короля переселялись в испанских колонии в Америке. К XIV в. в покаянной практике «Пенитенциалии», в основном, стали применяться не для определения должных епитимий за грехи, которые практически перестали накладываться на кающихся, а для подсчёта необходимых индульгенций, отпускавших сроки временного наказания. С этим связано и увеличение количества предоставляемых индульгенций, потребность в которых резко возросла. С начала XIII в. среди верующих и духовенства всё больше распространялись ошибочные, с точки зрения католического богословия, представления о сущности индульгенций, и расширялись злоупотребления в их практике (в том числе в оформлении и предоставлении грамот). Уже в каноне 62 четвёртого Латеранского собора отмечалось хождение чрезмерного количества грамот об индульгенциях (superfluas indulgentias), сомнительных с правовой точки зрения и ошибочных по формулировкам, а также злоупотребления квесторов, искажавших в проповедях смысл индульгенций. Однако Собор не выработал реальных механизмов контроля за предоставлением, изданием и распространением грамот об индульгенциях, поэтому установленные им требования практически не соблюдались. Епископы и легаты продолжали в больших количествах предоставлять индульгенции, часто не соблюдая максимальные сроки, установленные четвёртым Латеранским собором (выдавались грамоты, объявлявшие об индульгенциях на несколько сот или даже тысяч лет). Часто допускавшиеся квесторами ошибочные толкования индульгенций, а также хождение большого числа фальшивых грамот, содержавших формулу отпущения грехов «a culpa et a poena» («от вины и от наказания»), способствовали укоренению в народном сознании восприятия индульгенций как выдаваемого за пожертвования прощения грехов, прощения будущих грехов, разрешения совершать грехи или «гарантии» спасения души.