Одно из ранних употреблений слова «indulgentia» в значении освобождения от епитимии прослеживается в посланиях Бернарда Клервоского, который призывал участвовать в Крестовых походах ради получения индульгенцией за все грехи, которые были исповеданы с сокрушённым сердцем («Suscipe crucis signum, et omnium pariter, de quibus corde contrito confessionem feceris, indulgentiam obtinebis»; «Suscipite signum crucis, et omnium, de quibus corde contrito confessionem feceritis, plenam indulgentiam delictorum»). Третьим Латеранским собором 1179 г., призвавшим к Крестовому походу против альбигойцев и других еретических движений в Южной Франции, в каноне 27 определялось, что умершие во время похода «в истинном покаянии» получают индульгенции грехов (peccatorum indulgentiam), а его участники – освобождение от двухлетней епитимии (poenitentia iniuncta). Собор оставлял на усмотрение епископов вопрос о предоставлении крестоносцам большей индульгенции в соответствии с реальными сроками похода и степенью заслуг его отдельных участников (laboris maior eis indulgentia tribuatur). Объявляя на четвёртом Латеранском соборе 1215  г. о начале нового Крестового похода в Святую землю, папа Римский Иннокентий III декретом «Ad liberandam» (канон 71 Собора) подтвердил индульгенцией, отпускавшую епитимии за все грехи, в которых раскаялись и исповедались участники похода (plenam suorum peccaminum, de quibus veraciter fuerint corde contriti et ore confessi, veniam indulgemus), а также все те, кто оказывали им помощь. Впоследствии данные формулы воспроизводились в канонах первого Лионского собора 1245 г. и второго Лионского собора 1274 г., провозглашавших индульгенции крестоносцам и жертвующим на защиту Святой земли. Значительную роль в упорядочивании практики предоставления индульгенций сыграли каноны четвёртого Латеранского собора: канон 60 («Accedentibus») запретил аббатам присваивать епископские прерогативы, в том числе право давать индульгенции. Канон 62 («Cum ex eo») ограничил права епископов, разрешая им жаловать индульгенции на срок не более года по случаю освящения храма и не более сорока дней в честь храмового праздника, подчеркнув необходимость следовать практике, которой придерживается папа Римский, обладающий в этих вопросах полнотой власти (cum Romanus pontifex qui plenitudinem obtinet potestatis). В каноне приводился текст формуляра-образца папской грамоты об индульгенции (forma litterarum praedicatorum), которого предписывалось придерживаться для аналогичных епископских грамот. В данном формуляре объявлялось снятие возложенных епитимий (in remissionem vobis iniungimus peccatorum) за пожертвования на благотворительные нужды. Собор также регламентировал деятельность квесторов (quaestores, quaestuarii, indulgentiarii, contionarii) – особых клириков и монахов, распространявших за пожертвования изданные папой или епископами грамоты об индульгенции (indulgentiarum litteras).