Руководствовались «строгой законностью и справедливостью», а не «рознью чёрного и белого духовенства». 21 октября 1783 г. при открытии Российской академии Иннокентий был провозглашён её почётным членом. Принимал активное участие в работе по составлению первой части Словаря Академии Российской (СПб., 1789 г.), всех частей словопроизводного словаря и в разработке плана толкового словаря славяно-русского языка. В апреле 1796 г. императрица пожаловала Иннокентию бриллиантовый крест на клобук. Наследовавший ей император Павел I также благоволил Иннокентию. Был награждён орденом св. Александра Невского (11 декабря 1796 г.), командорством (1797 г.). Император увеличил содержание монашествующих и архиерейского дома (18 декабря 1787 г.). 26 февраля 1797 г. Иннокентий в присутствии императора Павла I заложил новую императорскую резиденцию в столице – Михайловский замок с церковью во имя архангела Михаила. 15 марта 1797 г. Иннокентий освятил церковь во имя Павла Исповедника в Морском корпусе на Васильевском острове в Санкт-Петербурге (Павел I взошёл на престол в день памяти св. Павла). Иннокентий был широко известен своими проповедями, в которых отмечали «сближение требований религии с существом человеческого разума и естественного чувства, или, говоря его словами, голоса Бога с голосом человечества». Большинство из них не опубликованы, о чём сокрушался, в частности, Николай Иванович Новиков. Архиерей состоял в дружеских отношениях с Афанасием (Ивановым), Арсением (Верещагиным) и Гавриилом (Петровым). 9–11 октября 1798 г. император Павел I удовлетворил прошение Иннокентия о выходе на покой «за слабостью и оскудением сил», назначив ему пенсию, равную штатному жалованию, и оставив «для всегдашнего его пребывания» Псковское подворье в Санкт-Петербурге. Последние месяцы жизни Иннокентий провёл под одной кровлей с митрополитом Гавриилом в Александро-Невской лавре, где и скончался. После кончины Иннокентия его архив и библиотека поступили в Псковскую духовную семинарию. По просьбе митрополита Гавриила Иннокентий был похоронен в лавре, в палатке-усыпальнице церкви в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, у южной стены. Иннокентий завещал не говорить речей при погребении. Текст эпитафии Гавриила Романовича Державина высечен на мраморной пристенной доске над могилой Иннокентия (воссоздана в 1991 г.): «Вития о тебе не возгласил похвал: / Глас красноречия для праведника мал!»