12 июня 1776 г. императрица выделила ему 8,8 тыс. руб. на исправление семинарского дома и четырёх погоревших церквей. После пожара здание семинарии было быстро восстановлено, построены хозяйственные флигели. Более 30 лет Иннокентий оставался бессменным членом Святейшего Синода, жил, в основном, в Санкт-Петербурге. Перед открытием в 1767 г. Комиссии о сочинении нового Уложения императрица Екатерина II поручила доверенным лицам познакомиться с её Наказом, составленным для руководства Комиссии, и указать на лишние и не соответствующие условиям русской жизни статьи. От духовенства к этой работе были привлечены епископ Тверской Гавриил (Петров), Иннокентий и настоятель Троице-Сергиевой лавры архимандрит Платон (Левшин). Они подготовили отзыв, в котором осторожно высказались за сохранение гражданского наказания за религиозные проступки, представили проект реформы духовно-учебных заведений (основным автором проекта, который остался неосуществлённым, считается епископ Гавриил). Все трое как члены Синода нередко вместе участвовали в богослужениях. Так, 15 сентября 1770 г., когда в Санкт-Петербурге по случаю победы над турецким флотом совершалось поминовение императора Петра I как «основателя морских Российских сил», служение панихиды в Петропавловском соборе в присутствии императрицы возглавил архиепископ Санкт-Петербургский Гавриил, литургию – Иннокентий, а проповедовал архимандрит Платон. 29 сентября 1773 г. в Казанской (Богородице-Рождественской) церкви на Невском проспекте Иннокентий молился при совершении архиепископом Гавриилом таинства венчания наследника государя Павла Петровича и государыни Наталии Алексеевны и произнёс после этого проповедь. 30 августа 1790 г. Иннокентий сослужил митрополиту Санкт-Петербургскому Гавриилу (Петрову) за первой литургией в новоосвящённом Троицком соборе столичного Александро-Невского монастыря в присутствии императрицы. Екатерина II в сочинении «Антидот» (1770 г.), опровергая «клевету на непросвещённость русского духовенства» французского аббата Жана Шаппа д'Отроша в книге «Voyage en Siberie» (1768 г.), ссылалась на образцовую деятельность Иннокентия, архиепископов Гавриила и Платона. Иннокентий, Гавриил и Платон до второй половины 1770 гг., по характеристике историка церкви Бориса Васильевича Титлинова, «вместе составляли основное синодское ядро, доминирующее и по своему положению, и по влиянию и связям, и по знакомству с синодскими делами, и, наконец, по дарованиям».