В октябре 1774 г. Иннокентий через посредничество Григория Александровича Потёмкина как «благонадёжного предстателя к высокомонаршему лицу» испрашивал прибавки жалования. 13 мая 1780 г. встречал в Пскове императрицу Екатерину II, направлявшуюся в Могилёв. 14 мая императрица присутствовала на литургии в псковском Троицком кафедральном соборе. Затем Иннокентий выехал в Полоцк, где 19 мая того же года снова приветствовал императрицу. В ризнице Троицкого собора до начала 1920 гг. хранилась панагия с аметистами и бриллиантами, пожалованная Иннокентию императрицей Екатериной II. 29 октября 1783 г. проповедовал на открытии наместничества и присутственных мест в Риге. Первые годы управления Иннокентием Псковской епархией совпали с секуляризацией церковных имений, закрытием многих малых монастырей; только во Пскове – Успенского на Полонище, Илиинского на Запсковье, Нововознесенского, Воскресенского со Стадища, Любятовского, Гремячского во имя св. бессребренников Космы и Дамиана. В 1770–1780 гг. территория Псковской епархии значительно расширилась за счёт присоединения Порховского и Великолуцкого уездов из Новгородской епархии, Торопецкого уезда – из Смоленской, Невеля и Полоцка – при первом разделе Польши (1772–1773 гг.), в то время как северная часть Псковской земли (Гдовский уезд) была передана Санкт-Петербургской епархии. В новые границы епархии вошёл, в частности, Никандров в честь Благовещения Пресвятой богородицы монастырь, преподобный Никандр стал повсеместно чтиться как «Псковский чудотворец». Иннокентию пришлось заново создавать систему управления епархией, которая увеличилась в размерах более чем в два раза. Для упорядочения быта и службы приходского духовенства и монашествующих разработал множество инструкций. В 1786 г. издал роспись приходов Пскова: из 50 церквей статус приходских сохранили 17, остальные стали приписными. При нём города Псковской губернии получили регулярную планировку, в уездных центрах построены каменные соборы: Преображенский в Опочке (1795 г.), Троицкий в Острове (1790 г.). По благословению Иннокентия были также построены и освящены каменные храмы в Лифляндской губернии: Екатерининский в Пернове (ныне Пярну, Эстония; 1769 г.), Успенский в Дерпте (ныне Тарту, Эстония; 1783 г.), Петропавловский собор в Риге (1786 г.), а также церкви в Аренсбурге (ныне Курессааре, Эстония; 1784–1790 гг.), Верро (ныне Выру, Эстония; 1788–1792 гг.) и др. В Риге, Изборске, Острове, Гдове, Опочке, Новоржеве появились духовные правления.