В 1420 г. во францисканском монастыре Спасителя во Флоренции был рукоположён во пресвитера. Согласно автографу Иакова из Марки в одной из рукописей, в 1422 г. он произнёс там первую проповедь. По поручению Римского папы Мартина V в 1420–1431 гг. странствовал по Тоскане, Умбрии и Марке, проповедуя и искореняя ересь «малых братьев», крайних последователей католического святого Франциска Ассизского; обличал социальную несправедливость, боролся с ростовщичеством, для чего основал ряд светских братств, которые предоставляли денежные ссуды под низкий процент. В 1432–1434 гг. в проповедях обличал богомильскую ересь в Далмации, Славонии и Боснии. По указанию генерального настоятеля ордена францисканцев Гвильермо Робадзольо да Казале действовал также и как легат (визитатор) францисканских монастырей в Боснии. В 1435–1439 гг. в качестве инквизитора посетил Чехию и Венгрию, где безуспешно пытался бороться с гуситской ересью, призывал правителей к участию в Крестовом походе против турок, встречался с германским императором Сигизмундом, чтобы передать личные послания папы Римского Евгения IV с призывом возглавить Крестовый поход. В 1440 г. папа Евгений IV благословил Иакова из Марки совершить паломничество в Святую землю. В 1441 г. побывал на острове Кипр, однако исследователям неизвестно, достиг ли он Палестины. После возвращения продолжал выступать в проповедях против «малых братьев». В 1443 г. назначен апостольским нунцием в области Аквилея. Получив известие о кончине Бернардина Сиенского (ум. 20 мая 1444 г.), поспешил на похороны наставника и произнёс похвальную речь над гробом усопшего. Последующие годы Иаков из Марки провёл в области Марке, где выступил посредником во время мирных переговоров между городскими общинами Фермо и Асколи (1446 г.). В 1449 г. с разрешения папы Римского Николая V основал в родном Монтепрандоне монастырь во имя Богородицы Милостивой (Мадонна делле Грацие). В дискуссиях внутри ордена францисканцев между обсервантами и конвентуалами принял сторону обсервантов. В 1450 г. выступил свидетелем на канонизационном процессе бывшего главы обсервантов Бернардина Сиенского. В 1455 г. Римский папа Каллист III поручил Иакову из Марки ему выработать основы примирения между обсервантами и конвентуалами. Составленная им программа, хотя и была обнародована Папским престолом в булле от 2 февраля 1456 г., не удовлетворила конфликтующие стороны.