В ходе переговоров обсуждалась кандидатура Густава Адольфа, затем Карла Филиппа. Одновременно новгородские власти установили связи с руководителями первого (князь Фёдор Тимофеевич Чёрный-Оболенский, С.Е. Отрепьев) и второго (князь Дмитрий Михайлович Пожарский и др.) ополчений, поддержавшими идею приглашения Карла Филиппа. Сохранилась грамота Исидора в Ярославль, призывающая власти второго ополчения избрать на русский престол шведского королевича (Российская национальная библиотека). Князь Ф.Т. Чёрный-Оболенский, настаивая на переходе принца в православие через перекрещивание, говорил о данном Карлом IX обещании крестить Карла Филиппа в случае утверждения его на троне в Москве. Однако тема повторного крещения принца почти не представлена в документах. Как показала Елена Игоревна Кобзарева, этот вопрос не затрагивался в текстах, исходивших от новгородской стороны, в том числе от Исидора. У Я. Делагарди появились основания информировать шведского короля о готовности новгородцев избрать Карла Филиппа без изменения вероисповедания. 15 ноября 1612 г. руководители второго ополчения известили Исидора об освобождении Москвы и о созыве Земского собора для избрания царя. В 1613 г. царём был избран Михаил Фёдорович Романов. Новый правитель первоначально не пользовался популярностью в Новгороде, его считали ставленником казацких мятежников, которых опасались. Летом 1613 г. Я. Делагарди добился приезда Карла Филиппа в Выборг, рассчитывая на прибытие туда новгородских властей. Однако Исидор и князь И.Н. Одоевский Большой в Выборг не поехали, поскольку не стремились к отделению «Новгородского государства» от Москвы. Переговоры окончательно зашли в тупик после отказа Карла Филиппа занять русский трон. Я. Делагарди выдвинул кандидатуру его брата Густава II Адольфа, ставшего к тому времени шведским королём. Несмотря на давление Я. Делагарди, позднее Э. Горна, Исидор и князь И.Н. Одоевский Большой никогда не присягали шведским правителям. Для освобождения Пскова от шведов в марте 1613 г. из Ярославля были направлены войска Семёна Васильевича Прозоровского и Леонтия Андреевича Вельяминова, которым не удалось пробиться к городу, но их присутствие спровоцировало массовый переход новгородских и белозерских служилых людей на сторону правительства Михаила Фёдоровича. В Тихвине горожане частично уничтожили шведский гарнизон и вынудили его бежать. Исидор осудил выступление жителей Тихвина, посчитав его изменой Новгороду и нарушением договора 1611 г. Митрополит так охарактеризовал участников «тихвинского сидения»: «Богоотступники..., которые в Обонежской пятине монастырь Пречистые Богородицы Тихвинские и иные монастыри выграбили, и у чюдотворного образа Пречистые Богородицы и у иных многих образов оклады обобрали, и монастыри разорили, и посад тихвинскои выжгли, и тихвинского игумена Иосифа, и старцов, и слуг, и иных многих людей неповинных с монастырей предали».