После убийства Лжедмитрия I и удаления Игнатия (май 1606 г.) Исидор 1 июня 1606 г. возглавил венчание на царство Василия Ивановича Шуйского. Во время церемонии Исидор обратился к царю с речью, возможно, им написанной (Акты археографической экспедиции). Новгородский митрополит участвовал и в поставлении на Патриарший престол избранного по воле царя Ермогена. По благословению патриарха Исидор в 1606 г. рассылал грамоты с повелением молиться о победе правительственных войск над повстанцами под руководством Ивана Болотникова. От патриарха, сторонника перекрещивания католиков и протестантов при присоединении их к православной церкви, Исидор мог получить список Сводной редакции чиноприёмов, содержащей, в частности, требование присоединения неправославных христиан к православию через крещение. Известен Требник из келейной библиотеки Исидора с его владельческой записью (Российская национальная библиотека), включающий Сводную редакцию. Какое-то время Исидор мог следовать этим нормам. Поддержал переговоры новгородского воеводы князя Михаила Васильевича Скопина-Шуйского со шведским полковником Якобом Понтуссоном Делагарди в 1608 г. о приглашении наёмников для борьбы с Лжедмитрием II. В ходе повстанческого движения, охватившего Новгородскую и Псковскую земли, митрополит приложил значительные усилия для удержания населения Новгорода под властью царя Василия Шуйского. В критический момент отъезда из Новгорода князя М.В. Скопина-Шуйского Исидор способствовал прекращению мятежа и сумел убедить горожан не присягать Лжедмитрию II. Правительство Василия Шуйского подписало в феврале 1609 г. в Выборге договор о союзе со Швецией, по которому в обмен на военную помощь Россия уступила Швеции город Корелу (ныне Приозёрск). Население Корелы отказалось признать шведскую власть и присягнуло Лжедмитрию II. Оборону города от шведских войск возглавил Корельский епископ Сильвестр. Русское правительство настаивало на передаче Корелы Я. Делагарди и организовало перенесение из города и окрестностей святынь и вывод монастырей. В первой половине мая 1610 г. в Новгород к воеводе Ивану Никитичу Одоевскому Большому и Исидору были направлены царские грамоты о переводе Коневского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря в новгородский Деревяницкий в честь Воскресения Христова монастырь, что и было исполнено. Принятое боярским правительством 17 августа 1610 г., после низложения в июле Василия Шуйского, решение о призвании на русский трон польского королевича Владислава было расценено в Швеции, находившейся в состоянии войны с Речью Посполитой, как нарушение русско-шведского договора, и Я. Делагарди в соответствии с инструкциями шведского короля напал на Новгород.