Ввиду особого положения Арелатского епископа в системе церковной иерархии Галлии Иларий Арелатский часто вступал в контакты с высшими гражданскими сановниками. Во время проповеди в базилике Констанция он обличил префекта Галлии, отвергшего «увещание ради его собственного спасения». По мнению исследователей, речь шла об Авксилиарии (префект в 438–439 гг.), благочестивом муже, который поддерживал отношения с Иларием Арелатским и с Германом Автиссиодурским. Однако, скорее всего, как полагают исследователи, Иларий Арелатский обличал Альбина (префект в 440), амбициозного человека, который конфликтовал с патрицием Аэцием. Для их примирения император Валентиниан III послал в Галлию римского диакона Льва (впоследствии папа Лев I Великий). Об имени префекта и о его проступках, вызвавших недовольство епископа, вероятно, намеренно не сообщалось, лишь указывалось, что речь шла «о деле справедливости». Деятельность Илария Арелатского оказала влияние на церковную жизнь всей Галлии. В ноябре 439 г. он после долгого перерыва (398–439 гг.) созвал Собор в городе Рейи (ныне Рьез), на котором присутствовали 12 епископов и пресвитер – представители кафедр из митрополий Арелата (южная часть Вьеннской провинции и Вторая Нарбонская провинция) и Эбредуна (ныне Амбрён). Согласно постановлению епископов, созывать межпровинциальные Соборы следовало два раза в год. Однако следующее совещание состоялось лишь в 441 г. в городе Аравсион (ныне Оранж), на нём присутствовали 17 епископов из четырёх митрополий, в том числе Клавдиан Вьеннский и Евхерий Лугдунский. В заседаниях первого Вазионского собора 13 ноября 442 г. участвовали 23 епископа. В 443 г. в Арелате состоялся местный провинциальный Собор (см. Арелатские соборы). Иларий Арелатский посетил многие города Галлии, во время поездок часто встречался с Германом Автиссиодурским. Действия Илария Арелатского вызывали неприязнь некоторых церковных иерархов, стремившихся ограничить его полномочия, что в итоге привело к конфликту с Римским престолом. В 444 г. на Соборе в городе Везонцион (ныне Безансон) при активном участии Илария Арелатского и Германа был осуждён и лишён сана местный епископ Хелидоний. Его рукоположение было признано неправомочным по ряду причин: Хелидоний до вступления на кафедру был женат на вдове, а также, находясь на государственной службе, выносил смертные приговоры. Низложенный епископ отправился в Рим, чтобы подать жалобу папе Льву I Великому. Иларий Арелатский последовал за ним (конец 444 г.), но, явившись в Рим, не смог опровергнуть доводы Хелидония, был обвинён в превышении полномочий и вернулся в Арелат. Лев I Великий в послании к епископам Вьеннской провинции не стал упоминать о том, что Хелидоний выносил смертные приговоры. Подтверждая каноническое правило о недопущении к священству лица, женатого на вдове, папа признал обвинения против будущего епископа ложными. Иларий Арелатский был обвинён в досрочном рукоположении преемника епископа Проектия, хотя тот по болезни в течение долгого времени не мог исполнять пастырские обязанности.